Η βασική θερμοκρασία του σώματος μιας γυναίκας κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης θα παραμείνει ελαφρώς αυξημένη από τη στιγμή της σύλληψης έως περίπου το τέλος του πρώτου τριμήνου. Στις περισσότερες περιπτώσεις, αυτή η μικρή αύξηση στη θερμοκρασία ηρεμίας δεν είναι αισθητή παρά μόνο με τη χρήση ενός βασικού θερμομέτρου, το οποίο μπορεί να διαβάσει με ακρίβεια τη θερμοκρασία του σώματος στους 0.1°F (0.18°C). Πολλές γυναίκες χρησιμοποιούν τις μικρές διακυμάνσεις στη βασική θερμοκρασία του σώματος για να καθορίσουν πότε είναι πιο γόνιμες και στη συνέχεια ως πρώιμο δείκτη της εγκυμοσύνης.
Αν και υπάρχουν φυσιολογικές διακυμάνσεις στη βασική θερμοκρασία του σώματος, κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης είναι γενικά μεταξύ 0.4 και 1.0°F (0.072 έως 0.18°C) υψηλότερη από ό,τι μεταξύ της περιόδου μιας γυναίκας και του χρόνου της ωορρηξίας της. Εάν η βασική θερμοκρασία του σώματος μιας γυναίκας παραμένει αυξημένη για περισσότερες από 15 ημέρες περίπου μετά την ωορρηξία, αυτό θα μπορούσε να είναι μια πρώιμη ένδειξη ότι είναι έγκυος. Τα ψευδώς αρνητικά δεν είναι ασυνήθιστα με τα τεστ εγκυμοσύνης, αλλά μια σταθερή, ελαφρώς αυξημένη θερμοκρασία από τη στιγμή της πιο πρόσφατης ωορρηξίας για δύο ή περισσότερες εβδομάδες είναι μια ισχυρή ένδειξη ότι η γυναίκα έχει συλλάβει. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, τα τεστ εγκυμοσύνης είναι συχνά αναξιόπιστα, έτσι πολλές γυναίκες χρησιμοποιούν αυτή τη θερμοκρασία για να προσδιορίσουν εάν μπορεί να είναι έγκυες ή όχι.
Η βασική θερμοκρασία του σώματος θα παραμείνει σε αυτό το ελαφρώς αυξημένο επίπεδο για το πρώτο τρίμηνο μιας κανονικής εγκυμοσύνης. Στο τέλος του πρώτου τριμήνου η θερμοκρασία της γυναίκας επανέρχεται στο φυσιολογικό. Μια απότομη αύξηση είναι πιθανώς μια ένδειξη ότι καταπολεμά μια μόλυνση ή ασθένεια.
Πολλές γυναίκες χρησιμοποιούν τη βασική θερμοκρασία του σώματος για να τις βοηθήσουν να καθορίσουν τους κύκλους γονιμότητάς τους. Η θερμοκρασία είναι συνήθως αρκετά σταθερή μεταξύ του τέλους της περιόδου μιας γυναίκας και της επόμενης ωορρηξίας της. Καθώς μια γυναίκα έχει ωορρηξία, η βασική θερμοκρασία του σώματός της θα πέσει μερικά δέκατα του βαθμού και στη συνέχεια θα αυξηθεί απότομα, μεταξύ 0.4 και 1°F (0.072 και 0.18°C). Η θερμοκρασία θα παραμείνει αυξημένη έως ότου η γυναίκα ξεκινήσει την περίοδό της, οπότε ο κύκλος ξεκινά ξανά. Εάν μια γυναίκα έχει συλλάβει, η θερμοκρασία του σώματός της θα πρέπει να παραμείνει αυξημένη, επομένως η μείωση αυτής της θερμοκρασίας είναι ισχυρή ένδειξη ότι δεν έχει συλλάβει κατά τη διάρκεια ενός δεδομένου κύκλου ωορρηξίας.