Ο μεσογλωσσικός βόθρος είναι μια περιοχή ελαφρώς σε σχήμα μπολ στην κάτω εσωτερική επιφάνεια του μεσαίου εγκεφάλου, που βρίσκεται μεταξύ δύο στελεχών των εγκεφαλικών μίσχων. Διάφορες ανατομικές δομές περιέχονται στον μεσογλωσσικό βόθρο, συμπεριλαμβανομένης της οπίσθιας διάτρησης ουσίας, δύο θηλαστικών σωμάτων, του κονδύλου του κονδύλου, και του στελέχους και του αδένα της υπόφυσης.
Η επιφάνεια του δαπέδου του μεσοκολπικού φώσου ονομάζεται οπίσθια διάτρητη ουσία. Αυτό το στρώμα της γκρίζας εγκεφαλικής ύλης έχει πολλές μικρές οπές στην επιφάνεια του που επιτρέπουν στα αιμοφόρα αγγεία να περάσουν στον εγκέφαλο. Ταξιδεύοντας μέσα από τη δομή βρίσκονται οι θαλαμοδιατρητικές αρτηρίες που εισέρχονται στον εγκέφαλο από τις οπές της οπίσθιας διάτρητης ουσίας.
Πάνω από την οπίσθια διάτρητη ουσία του μεσοϋποφθαλμικού βόθρου βρίσκεται το στέλεχος της υπόφυσης και η υπόφυση. Η υπόφυση μεγέθους μπιζελιού εκκρίνει εννέα διαφορετικές ορμόνες που ελέγχουν πολλές σωματικές λειτουργίες. Ο μίσχος της υπόφυσης συνδέει τον αδένα με τον υποθάλαμο. Μπροστά από την υπόφυση βρίσκονται δύο θηλαστικά σώματα, ή σώματα μαμηλάρια, τα οποία αποτελούν μέρος του μεταιχμιακού συστήματος. Μεταξύ των θηλαστικών σωμάτων βρίσκεται μέρος του υποθαλάμου που ονομάζεται tuber cinereum.
Ο κακομορφωμένος μεσογλωσσικός βόθρος μπορεί να υποδηλώνει μια υποκείμενη νευρολογική κατάσταση που μπορεί να διαγνωστεί με μαγνητική τομογραφία (MRI), που χρησιμοποιείται για την απεικόνιση των εσωτερικών δομών του εγκεφάλου. Η συγγενής πάθηση του συνδρόμου Joubert χαρακτηρίζεται από δυσπλασία του εγκεφάλου που μοιάζει με γομφίο δοντιού ενηλίκου. ο λευκός χώρος σε σχήμα δοντιού που είναι ορατός στην σάρωση του εγκεφάλου προκαλείται από έναν ασυνήθιστα βαθύ βόθρο, που περιβάλλεται από ασυνήθιστα ίσια και φαρδιά στελέχη μίσχου. Ένα τρίτο καθοριστικό χαρακτηριστικό είναι ένα υποπλαστικό, ή όχι πλήρως ανεπτυγμένο, παρεγκεφαλιδικό vermis, το οποίο είναι ένα στενό τμήμα του ιστού του εγκεφάλου που βρίσκεται ανάμεσα στα δύο μισά της παρεγκεφαλίδας.
Οι περισσότεροι άνθρωποι που γεννιούνται με το Joubert έχουν πολλές αναπτυξιακές καθυστερήσεις. Βασικά ορόσημα ανάπτυξης, όπως το κάθισμα και το περπάτημα δεν συμβαίνουν κατά μέσο όρο μέχρι το παιδί να έχει φτάσει τουλάχιστον τους 18 μήνες. Περίπου τα μισά από τα παιδιά που διαγιγνώσκονται δεν είναι σε θέση να περπατήσουν χωρίς βοήθεια λόγω του κακού μυϊκού τόνου ή της υποτονίας, που είναι συχνό φαινόμενο όταν έχει εντοπιστεί ένας δυσπλαστικός μεσογειακός βόθρος.
Τα παιδιά με αυτήν την κατάσταση έχουν αρκετά αναγνωρίσιμα χαρακτηριστικά προσώπου. Τα φρύδια ενός παιδιού είναι πιο στρογγυλά και βρίσκονται ψηλότερα στο μέτωπο. τα αυτιά του είναι μικρά και χαμηλωμένα εκατέρωθεν του κεφαλιού του. Συχνά, η γλώσσα του θα προεξέχει από το στόμα του. Αν και το παιδί θα έχει δυσκολίες στην αναπνοή και την όραση, η προσωπικότητα του παιδιού είναι συνήθως πολύ φιλική και χαρούμενη.