Στους ανθρώπους, το λεπτό έντερο αποτελείται συνήθως από τρία τμήματα. το πρώτο, καθώς η τροφή περνά από το στομάχι, είναι το δωδεκαδάκτυλο. Η νήστιδα και ο ειλεός είναι άλλα μέρη, που συνήθως διαφοροποιούνται από τους τύπους κυττάρων που ευθυγραμμίζονται στο εσωτερικό της οδού. Αυτό το πρώτο τμήμα είναι μια δομή που μοιάζει με σωλήνα και είναι γενικά 9.8 έως 11.8 ίντσες (25 έως 30 εκατοστά). Συνήθως αποτελείται από πολλά στρώματα. Η ιστολογία του δωδεκαδακτύλου χαρακτηρίζεται επίσης από μικροσκοπικές δομές που ονομάζονται αδένες Brunner, οι οποίες μπορούν να εκκρίνουν βλέννα που εξουδετερώνει τα οξέα του στομάχου.
Η τροφή εισέρχεται συχνά στο όργανο μετά από έως και τέσσερις ώρες μετά το φαγητό. Οι μικροί αγωγοί μπορούν να επιτρέψουν τη ροή παγκρεατικών ενζύμων και χολής, τα οποία εξουδετερώνουν επίσης τα οξέα καθώς και βοηθούν στην πέψη. Η ιστολογία του δωδεκαδακτύλου αντιπροσωπεύει τυπικά μια διπλωμένη δομή, ειδικά στο στρώμα του βλεννογόνου, που τυπικά αποτελείται από κυκλικές ή εγκάρσιες πτυχώσεις. Υπάρχουν επίσης προεξοχές που ονομάζονται λάχνες, οι οποίες έχουν μήκος έως 0.04 ίντσες (1 χιλιοστό). Στον πυρήνα τους είναι η λέμφου και τα αιμοφόρα αγγεία καθώς και τα νεύρα.
Συνήθως μέσα στις λάχνες υπάρχει ένα μικροσκοπικό στρώμα που ονομάζεται περίγραμμα βούρτσας, το οποίο αποτελείται από τμήματα κυττάρων που μοιάζουν με τρίχες που ονομάζονται μικροί. Υπάρχουν επίσης κύλικα κύτταρα, τα οποία εκκρίνουν βλεννογόνο για να βοηθήσουν τα τρόφιμα να περάσουν από τον σωλήνα. Τα μικροδιπλωμένα κύτταρα αποτελούν επίσης την ιστολογία του δωδεκαδακτύλου. λειτουργούν κανονικά παρουσιάζοντας αντιγόνα και ευθυγραμμίζουν μια σειρά λεμφικών οζιδίων. Κύτταρα που ονομάζονται λεμφοκύτταρα βρίσκονται συχνά σε ένα βαθύτερο στρώμα που ονομάζεται lamina propria, το οποίο αποτελείται επίσης από συνδετικούς ιστούς. Οι λεμφικές δομές μπορούν να συγκεντρωθούν σε ορισμένες περιοχές, ενώ τυπικοί αδένες βρίσκονται σε αυτό το στρώμα.
Οι εντερικοί αδένες, που ονομάζονται κρύπτες του Liberkuhn, έχουν γενικά σχήμα σωλήνα και ανοίγουν στην εσωτερική επιφάνεια του δωδεκαδακτύλου. Συνήθως υπάρχουν βλεννώδεις και άλλα ενδοκρινικά εκκριτικά κύτταρα επίσης. Το στρώμα του υποβλεννογόνου είναι συνήθως η θέση των αδένων Brunner, οι οποίοι βρίσκονται μόνο στην ιστολογία του δωδεκαδακτύλου. Γενικά προσδιορίζονται από ένα κουλουριασμένο, διακλαδισμένο σωληνοειδές σχήμα, αυτά είναι επενδεδυμένα με βλεννώδη εκκριτικά κύτταρα και συνήθως συνδέονται με αγωγούς που οδηγούν στους εντερικούς αδένες.
Ένα κυκλικό στρώμα και ένα διαμήκες στρώμα μυών συνήθως αποτελούν ένα σημαντικό μέρος της ιστολογίας του δωδεκαδακτύλου που ονομάζεται μυϊκή. Το εξωτερικό στρώμα είναι τυπικό για αυτό που βρίσκεται σε όλο το λεπτό έντερο, ενώ ο ορός γενικά σχηματίζει το εξωτερικό τμήμα του δωδεκαδακτύλου. Αυτό το στρώμα είναι επίσης ένα συστατικό του περιτοναίου, ή του ιστού που περιβάλλει τα κοιλιακά όργανα.