Η σύνδεση μεταξύ της εξέλιξης και της θρησκείας είναι συχνά αμφιλεγόμενη, στην οποία ορισμένες θρησκευτικές προσωπικότητες αμφισβητούν τη θεωρία της εξέλιξης ως προσβολή των πεποιθήσεών τους. Για ορισμένους, τόσο η θεωρία της εξέλιξης όσο και οι θρησκευτικές πεποιθήσεις μπορούν να συνυπάρχουν εύκολα και απλά να επεκτείνονται η μία πάνω στην άλλη για να δημιουργήσουν μια ευρύτερη άποψη. Για άλλους, ωστόσο, οι ιδέες πίσω από την εξέλιξη και τη φυσική επιλογή είναι πολύ εκ διαμέτρου αντίθετες με τις θρησκευτικές τους απόψεις και οι δύο ιδέες αλληλοαποκλείονται. Πολλοί επιστήμονες, ωστόσο, υποστηρίζουν ότι η εξέλιξη και η θρησκεία δεν χρειάζεται να είναι αποκλειστικές ιδέες και ότι η εξέλιξη σε καμία περίπτωση δεν κάνει δήλωση για οποιοδήποτε είδος θεότητας.
Μεγάλο μέρος της σύγκρουσης μεταξύ της εξέλιξης και της θρησκείας πηγάζει από το γεγονός ότι η θεωρία της εξέλιξης αμφισβητεί τις ιστορίες δημιουργίας ορισμένων θρησκειών. Στα ιουδαιοχριστιανικά συστήματα πεποιθήσεων, για παράδειγμα, η ιστορία της δημιουργίας προέρχεται από το Βιβλίο της Γένεσης, που βρίσκεται τόσο στη Χριστιανική όσο και στην Εβραϊκή Βίβλο. Σε αυτή την ιστορία, λέγεται ότι το σύμπαν και τα πάντα μέσα σε αυτό δημιουργήθηκαν από τον Ιουδαιοχριστιανικό Θεό μαζί με την ανθρωπότητα και τα διάφορα φυτά και ζώα με συγκεκριμένο τρόπο. Μια κυριολεκτική ανάγνωση αυτής της ιστορίας δημιουργεί σύγκρουση μεταξύ της εξέλιξης και της θρησκείας.
Η θεωρία της εξέλιξης είναι βασικά η ιδέα ότι όλη η ζωή στη Γη προέρχεται από μια κοινή κληρονομική πηγή δισεκατομμυρίων ετών στο παρελθόν. Από αυτή την πηγή, ένα πλήθος διαφορετικών μορφών ζωής, από ψάρια και πουλιά μέχρι θηλαστικά και ερπετά, έχουν αναπτυχθεί και εξελιχθεί κατά τη διάρκεια των χιλιετιών. Μια κυριολεκτική ανάγνωση της ιστορίας της δημιουργίας της Γένεσης, ωστόσο, δείχνει ότι το σύμπαν και η Γη δημιουργήθηκαν μόνο σε επτά ημέρες και ότι όλες οι σύγχρονες μορφές ζωής δημιουργήθηκαν μαζί την ίδια περίπου εποχή. Αυτή η ανάγνωση έρχεται σε σύγκρουση με την εξέλιξη, και έτσι αυτό μπορεί συχνά να δημιουργήσει μια σύγκρουση μεταξύ της εξέλιξης και της θρησκείας.
Υπάρχουν πολλοί επιστήμονες, ωστόσο, που υποστηρίζουν αυτή τη σύγκρουση και τονίζουν την ιδέα ότι τόσο η εξέλιξη όσο και η θρησκεία μπορούν να συνυπάρχουν σε μια ενιαία κοσμοθεωρία. Μόνο μια κυριολεκτική ερμηνεία αυτού του είδους των ιστοριών δημιουργίας αποκλείει τη δυνατότητα μιας ευρύτερης άποψης. Για πολλούς ανθρώπους, είναι εύκολο να δουν αυτές τις ιστορίες δημιουργίας ως μεταφορικές αναπαραστάσεις για το πώς δημιουργήθηκε το σύμπαν και να πιστέψουν ότι η διαδικασία της εξέλιξης παρακολουθήθηκε ή τέθηκε αρχικά σε κίνηση από μια καλοπροαίρετη θεότητα. Υπάρχουν επίσης ορισμένες θρησκείες και συστήματα πεποιθήσεων στα οποία αυτή η σύγκρουση μεταξύ της εξέλιξης και της θρησκείας δεν είναι ένα ζήτημα, και οι οποίες ασπάζονται ανοιχτά τη θεωρία της εξέλιξης χωρίς σύγκρουση με διάφορες θρησκευτικές πεποιθήσεις.