Στη θεωρία της μετασχηματιστικής γραμματικής, οι προτάσεις έχουν δύο τρόπους αναπαράστασης: τη βαθιά και την επιφανειακή δομή. Η βαθιά δομή αναφέρεται στο υποκείμενο νόημα μιας πρότασης όπως αναπαρίσταται και κατανοείται στον εγκέφαλο. Χρησιμεύει ως αντίστιξη στη δομή της επιφάνειας, η οποία είναι η πραγματική γραπτή ή προφορική μορφή της πρότασης. Αυτή η έννοια δημιουργήθηκε από τον Noam Chomsky στο βιβλίο του, το 1957, Syntactic Structures, το οποίο διατύπωσε τη θεωρία της μετασχηματιστικής γραμματικής. Σύμφωνα με αυτή τη θεωρία, οι άνθρωποι χρησιμοποιούν μετασχηματισμούς, έναν τύπο γνωστικής διαδικασίας, για να χαρτογραφήσουν τις δομικές σχέσεις μεταξύ των αναφορών προτάσεων κατανοητές στις γλωσσικές περιοχές του εγκεφάλου και του πραγματικού περιεχομένου μιας πρότασης που φαίνεται ή ακούγεται.
Η έννοια της βαθιάς δομής υποστηρίζει ότι οι πληροφορίες που σχετίζονται με κάθε συστατικό μιας πρότασης, όπως τα υποκείμενα και τα κατηγορήματά της, κωδικοποιούνται σε αφηρημένα κομμάτια μέσα στον εγκέφαλο. Οι προτάσεις που διαφέρουν ως προς τη δομή της επιφάνειας τους, όπως «Το αγόρι κλώτσησε τη μπάλα» και «Η μπάλα κλώτσησε από το αγόρι», μπορεί να έχουν την ίδια βαθιά δομή. Ο λόγος για αυτό είναι επειδή τα συστατικά μέρη για κάθε πρόταση σχετίζονται με τον ίδιο τρόπο στον εγκέφαλο, έτσι ώστε οι άνθρωποι να μπορούν να κατανοήσουν τις προτάσεις ως σημασιολογικά ισοδύναμες, παρόλο που είναι συντακτικά διαφορετικές. Με διφορούμενες προτάσεις, όπως «Έχω δει να οδηγεί άνθρωπο», με μόνο μία δομή επιφάνειας, μπορούν να δημιουργηθούν πολλαπλές δομικές ερμηνείες με την αναδιάταξη των στοιχείων, όπως «Έχω δει έναν άνδρα να οδηγεί» ή «Έχω δει έναν άνδρα που οδηγεί συνήθως».
Η βαθιά δομή, όπως περιγράφεται από τον Τσόμσκι, υπόκειται σε ορισμένους κανόνες που είναι έμφυτοι στον ανθρώπινο εγκέφαλο. Αυτά περιλαμβάνουν μετασχηματιστικούς κανόνες για την εξαγωγή της σημασίας της επιφανειακής δομής μιας πρότασης, όπως η προσθήκη ενός σιωπηρού αντικειμένου σε μια πρόταση: η εντολή “Απλά οδήγησε!” γίνεται μια οδηγία για το “Drive the car,” μέσω του κανόνα της προσθήκης, για παράδειγμα. Μέσω άλλων μετασχηματισμών, η βαθιά δομή μιας σκέψης μετατρέπεται σε γραμματικά σωστές προτάσεις που μπορούν να γίνουν κατανοητές από τον ακροατή ή τον αναγνώστη. Αυτοί οι κανόνες, καθώς και η ικανότητα διατήρησης αφηρημένων ιδεών στον εγκέφαλο, είναι έμφυτοι, σύμφωνα με τη θεωρία, επομένως οι άνθρωποι δεν χρειάζεται να διδάσκονται να κωδικοποιούν τη γλώσσα με όρους βαθιάς δομής. είναι μια διαδικασία που συμβαίνει αυτόματα. Αν και η έννοια των δομών παραμένει σημαντική στη γλωσσολογία, οι περισσότεροι γλωσσολόγοι δεν πιστεύουν πλέον ότι η βαθιά δομή είναι ο μόνος τρόπος με τον οποίο οι άνθρωποι αντλούν νόημα από τη γλώσσα.