Το λιμάνι της χώρας, επίσης “homeport”, είναι το λιμάνι στο οποίο ένα σκάφος είναι νηολογημένο ή μόνιμα εγκατεστημένο. Για τα εμπορικά πλοία, είναι το λιμάνι από το οποίο δραστηριοποιείται. Ο λιμένας νηολόγησης ενός πλοίου και η σημαία υπό την οποία πλέει έχουν νομική σημασία για φορολογικούς σκοπούς και για την εφαρμογή του διεθνούς ναυτικού δικαίου.
Ένας μακροχρόνιος κανόνας του διεθνούς ναυτικού δικαίου είναι ότι ένα πλοίο που ασκεί εξωτερικό εμπόριο ή εμπόριο υπόκειται σε φόρους ιδιοκτησίας μόνο στο λιμάνι καταγωγής του. Αυτό το δόγμα ενσωματώθηκε στη ρήτρα Εξωτερικού Εμπορίου του Συντάγματος των ΗΠΑ. Ισχύει τόσο για το εξωτερικό εμπόριο όσο και για το εμπόριο μεταξύ των κρατών από λιμάνια εντός των ΗΠΑ.
Ορισμένα εμπορικά πλοία πλέουν με «σημαία ευκαιρίας». Σύμφωνα με το ναυτικό δίκαιο, η νόμιμη χώρα δικαιοδοσίας για ένα ποντοπόρα πλοίο είναι αυτή υπό τη σημαία του οποίου πλέει. Ορισμένες χώρες έχουν μια πολιτική «ανοιχτού μητρώου» με την οποία ένα ξένο σκάφος μπορεί να εγγραφεί υπό τη σημαία της χώρας έναντι ετήσιας αμοιβής.
Το ανοιχτό μητρώο έχει οικονομικά και νομικά πλεονεκτήματα. Επιτρέπει στους ιδιοκτήτες σκαφών να επιλέγουν υπαλλήλους από μια διεθνή ομάδα. Συνήθως αποφεύγει το υψηλότερο εργατικό κόστος και τους φόρους που συνεπάγεται η πλεύση υπό τη σημαία της χώρας καταγωγής του πλοίου, όπου η εργατική νομοθεσία μπορεί να επιβάλλεται αυστηρότερα ή οι φόροι υψηλότεροι. Αμερικανοί έμποροι σηματοδοτούν μεγάλο αριθμό πλοίων τους μέσω νηολογίου στον Παναμά. Υπολογίζεται ότι περίπου τα μισά εμπορικά πλοία στον κόσμο πλέουν υπό σημαίες ευκαιρίας.
Τα πλοία που ταξιδεύουν υπό σημαίες ευκαιρίας υπόκεινται σε έλεγχο από τις υπηρεσίες επιβολής του νόμου στη θάλασσα. Το ανοιχτό μητρώο επιτρέπει την ανωνυμία της πραγματικής θύρας υποδοχής που το καθιστά ελκυστικό για εγκληματικές επιχειρήσεις. Σε αυτά περιλαμβάνονται το λαθρεμπόριο ναρκωτικών, η εμπορία ανθρώπων και οι παράνομες αλιευτικές πρακτικές.
Οι νόμοι του λιμένα καταγωγής μιας χώρας έχουν επίσης σημασία για πλοία που βρίσκονται σε κίνδυνο ή χρειάζονται βοήθεια. Ένα πλοίο που βρίσκεται σε κίνδυνο κινδυνεύει να βυθιστεί ή να βλάψει τα μέλη του πληρώματος. Ένα πλοίο που χρειάζεται βοήθεια είναι αυτό που έχει υποστεί ζημιά ή με άλλο τρόπο χρειάζεται ένα ασφαλές λιμάνι.
Τα σύγχρονα πλοία ενέχουν μεγαλύτερους περιβαλλοντικούς κινδύνους για τα λιμάνια από τα πλοία του παρελθόντος, ιδιαίτερα σε περιπτώσεις δυνητικά τεράστιων πετρελαιοκηλίδων από κατεστραμμένο ή ανάπηρο σκάφος. Οι κίνδυνοι της βλάβης στο λιμάνι και στο περιβάλλον πρέπει να σταθμίζονται έναντι της απώλειας περιουσίας και της ασφάλειας του πληρώματος του πλοίου. Έχουν αναφερθεί περιπτώσεις βύθισης πλοίων μετά από άρνηση εισόδου στο λιμάνι. Οι διεθνείς ναυτικοί δικηγόροι εξακολουθούν να συζητούν τους κανόνες που θα πρέπει να ισχύουν για να αποφασίζουν πότε θα αρνηθεί την είσοδο σε λιμένα πλοίου.