Ο Τζον Έντγκαρ Χούβερ είναι ο πιο αμφιλεγόμενος διευθυντής του FBI στην ιστορία των ΗΠΑ. Μολονότι έχαιρε μεγάλης εκτίμησης κατά τη διάρκεια της ζωής του, η διαμάχη άναψε μετά τον θάνατό του το 1972. Σύμφωνα με ορισμένες πηγές, ο J. Edgar Hoover έκανε κατάχρηση της εξουσίας του, διώκοντας ορισμένες προσωπικότητες λόγω των πολιτικών τους πεποιθήσεων και όχι λόγω εγκληματικής δραστηριότητας.
Γεννημένος την 1η Ιανουαρίου 1895, ο J. Edgar Hoover αποφοίτησε από το Πανεπιστήμιο George Washington με πτυχίο νομικής και σχεδόν αμέσως άρχισε να εργάζεται στο Υπουργείο Δικαιοσύνης. Η ευφυΐα και η υψηλή του νοημοσύνη τους οδήγησαν σε μια σειρά προαγωγών και μέχρι το 1924 είχε διοριστεί επικεφαλής του BOI (Bureau of Investigation), που αργότερα μετονομάστηκε σε FBI. Παρέμεινε επικεφαλής διευθυντής για 49 χρόνια, μια κίνηση που επικρίθηκε έντονα από τους προέδρους και τις αρχές επιβολής του νόμου. Μετά το θάνατό του, το FBI θέσπισε νόμο που περιόριζε τους διευθυντές του FBI σε δεκαετή θητεία.
Ο J. Edgar Hoover κέρδισε την αναγνώριση για τη σύλληψη μελών των γερμανικών U-boat που περιφέρονται στις ακτές των ΗΠΑ κατά τη διάρκεια του Β ‘Παγκοσμίου Πολέμου. Ήταν επίσης υπεύθυνος για τη δημιουργία μιας καλύτερης, μεγαλύτερης έκδοσης ενός συστήματος αρχείων δακτυλικών αποτυπωμάτων, που οδήγησε στη δημιουργία του Εργαστηρίου του FBI. Ο J. Edgar Hoover δημιούργησε την εκπαιδευτική ακαδημία του FBI και επικεντρώθηκε στη στρατολόγηση περισσότερων πρακτόρων για την επέκταση της υπηρεσίας.
Από την άλλη πλευρά, ο J. Edgar Hoover κέρδισε τη φήμη για την πολιτική δίωξη, ειδικά εναντίον εκείνων που πίστευε ότι ήταν «ένοχοι» ότι ασπάστηκαν τον κομμουνισμό ή διατάραξαν την ειρήνη. Αυτό περιελάμβανε πολλές μη πολιτικές προσωπικότητες όπως ο Μάρτιν Λούθερ Κινγκ, ο Τζούνιορ, ο Τσαρλς Τσάπλιν και το Κόμμα των Μαύρων Πάνθηρων. Ο J. Edgar Hoover δέχθηκε επίσης έντονη κριτική επειδή δεν μπόρεσε να εμβαθύνει στη δολοφονία του προέδρου John F. Kennedy. Ενώ το FBI διεξήγαγε έρευνα, η υπηρεσία αρνήθηκε να εξετάσει την ιδέα μιας συνωμοσίας, η οποία έκανε άλλους να πιστέψουν ότι εμπλέκονται μυστικοί στον θάνατο του JFK. Ο J. Edgar Hoover διατηρούσε μυστικά αρχεία για πολλούς από τους κορυφαίους πολιτικούς ηγέτες της εποχής του, τα οποία πολλοί πιστεύουν ότι χρησιμοποιούσε για να ελέγχει και να εκφοβίζει ισχυρές προσωπικότητες.
Σε όλη τη διάρκεια της καριέρας του, ο J. Edgar Hoover ήταν πολύ επιεικής απέναντι στη Μαφία. Οι ειδικοί πιστεύουν ότι αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι διάφορες οργανώσεις της μαφίας είχαν καταδικαστικές πληροφορίες για τη μυστική ζωή του Χούβερ ως ομοφυλόφιλου και χιαστί, τις οποίες χρησιμοποιούσαν για να τον εκβιάσουν να υποταχθεί. Το αν αυτό είναι αλήθεια ή όχι είναι θέμα καυτής συζήτησης για δεκαετίες και παραμένει ασαφές μέχρι σήμερα.