Οι Αζτέκοι, οι Ίνκας και οι Μάγια είναι οι πιο συνηθισμένοι αυτόχθονες πληθυσμοί της Κεντρικής και Νότιας Αμερικής. Οι Ίνκας είναι ο αρχικός λαός του Περού. Οι Μάγια και οι Αζτέκοι είναι οι πρώτοι λαοί του Μεξικού.
Η ομάδα των Αζτέκων ιθαγενών ζούσε μια ζωή κυνηγού-τροφοσυλλέκτη που ξεκίνησε το 1325 στο Μεξικό. Οι Αζτέκοι εγκαταστάθηκαν στην πρωτεύουσα Tenochtitlan, η οποία είναι τώρα η Πόλη του Μεξικού. Πολλοί ιθαγενείς του Μεξικού έχουν κάποια κληρονομιά των Αζτέκων.
Οι Αζτέκοι εξημέρωσαν φυτά όπως κακάο, βανίλια, ντομάτες, καλαμπόκι, καπνός, κρεμμύδια, μπανάνες, σκουός και φασόλια, καθώς και πολλά άλλα. Οι κόκκοι κακάο βραβεύτηκαν για την παρασκευή σοκολάτας και χρησιμοποιήθηκαν ως πρώιμο νόμισμα. Οι αυτόχθονες Αζτέκοι αντάλλασσαν κόκκους κακάο με ρούχα και εργαλεία. Η γλυπτική ήταν σημαντική για τους Αζτέκους και τα περισσότερα από τα γλυπτά τους ήταν λαξευμένα από ασβεστόλιθο. Μέρη του Μεξικού παραμένουν πλούσια σε κοιτάσματα ασβεστόλιθου σήμερα.
Η αυτοκρατορία των Ίνκας ξεκίνησε το 1438 π.Χ. Οι Ίνκας ονομάζονταν επίσης Tiwantinsuya. Η Κέτσουα είναι η γλώσσα των Ίνκας. Οι Ίνκας προέβλεψαν εποχές μέσω της προσεκτικής παρατήρησης των πλανητών και των αστεριών. Ήταν μια φυλή ιθαγενών με υψηλή εξειδίκευση που σχεδίαζε πολύπλοκους δρόμους και κτίρια με την έμπειρη χρήση των μαθηματικών.
Οι ιθαγενείς Ίνκας του Περού ήταν πολυθεϊστές καθώς πίστευαν σε πολλούς θεούς. Ο Viracocha είναι ο θεός που οι Ίνκας πιστεύουν ότι δημιούργησε τους Ίνκας και οι Ίνκας είναι γνωστοί ως τα «Παιδιά του Ήλιου». Οι Ίνκας δημιούργησαν πλίθινα κατοικίες χρησιμοποιώντας πέτρες και μείγματα λάσπης και χόρτου. Καλλιέργησαν καλαμπόκι, πατάτες, καφέ και δημητριακά όπως η κινόα.
Ο πολιτισμός των Μάγια ξεκίνησε το 2600 π.Χ. στο Γιουκατάν. Οι Μάγια εξαπλώθηκαν σε όλο το Μεξικό, τη Γουατεμάλα, τη δυτική Ονδούρα και τη βόρεια Μπελίζ. Οι Μάγια ήταν ταλαντούχοι αγγειοπλάστες και υφαντές που ήταν επίσης ειδικευμένοι στο να καθαρίζουν εδάφη για εμπορικά δίκτυα. Οι Μάγια δημιούργησαν καινοτόμες υπόγειες δεξαμενές αποθήκευσης βρόχινου νερού.
Οι Μάγια είναι ένας από τους πιο καινοτόμους και εφευρετικούς από όλους τους αυτόχθονες πληθυσμούς. Κατασκεύασαν εντυπωσιακές πέτρινες κατασκευές με γλυπτές διακοσμητικές αρχιτεκτονικές λεπτομέρειες χρησιμοποιώντας πολύ περιορισμένα εργαλεία. Οι Μάγια δημιούργησαν επίσης προηγμένα μαθηματικά και συστήματα γραφής.
Οι σύγχρονοι Μάγια αριθμούν περισσότερους από έξι εκατομμύρια ανθρώπους, καθιστώντας τους Μάγια έναν από τους μεγαλύτερους αυτόχθονες πληθυσμούς στον κόσμο. Πολλές ομάδες αυτόχθονων των Μάγια ζουν στο Μεξικό, όπως οι Γιουκατέκ, οι Τζοτζίλ και οι Τζελτάλ. Περισσότερες από τριάντα ομάδες αυτόχθονων των Μάγια κατοικούν αυτή τη στιγμή στην Κεντρική Αμερική και κάθε ομάδα έχει μια ξεχωριστή διάλεκτο της γλώσσας των Μάγια.