Ο κλάδος της ανθρωπολογίας που είναι γνωστός ως αρχαιολογία φύλου προσπαθεί να βελτιώσει την κατανόησή μας για τους ρόλους των ανδρών και των γυναικών στους αρχαίους ανθρώπινους πολιτισμούς. Οι ιδρυτές αυτού του κλάδου της αρχαιολογίας ισχυρίζονται ότι ένας έμφυλος αρχαιολόγος απαιτεί υψηλότερο βαθμό απόδειξης πριν διατυπώσει θεωρίες ή καταλήξει σε συμπεράσματα. Οι μεθοδολογίες που χρησιμοποιούνται κατά την εξέταση των τοποθεσιών ταφής μπορεί να περιλαμβάνουν σκελετική, χημική και μικροσκοπική ανάλυση. σε βάθος ερευνών ταφικών αντικειμένων· και συγκριτικές μελέτες άλλων τάφων. Ορισμένοι πιστεύουν ότι η αρχαιολογία του φύλου ξεκίνησε με το φεμινιστικό κίνημα και υποστηρίζουν ότι η μελέτη προέκυψε σε μια προσπάθεια να αναδειχθεί ο ρόλος των γυναικών στην ανθρώπινη ιστορία. Οι υποστηρικτές της αρχαιολογίας του φύλου ισχυρίζονται ότι οι συμβατικές πολιτιστικές μελέτες συχνά παρερμηνεύουν δεδομένα που βασίζονται σε προκατασκευασμένες ιδέες.
Πολλές κοινές αντιλήψεις στην ανθρωπολογική μελέτη χαρακτηρίζουν τους άνδρες ως κατέχοντες τις κυρίαρχες πολιτικές, θρησκευτικές και κοινωνικές θέσεις. Η αρχαιολογία του φύλου προτιμά να εξετάζει την ιστορία με βάση φυσικά στοιχεία παρά με την αυτόματη ανάθεση ρόλων με βάση τα βιολογικά χαρακτηριστικά του φύλου. Πολλοί έχουν προτείνει ότι τα αρσενικά, που πιστεύεται ότι είναι σωματικά πιο δυνατά από τα θηλυκά, κατασκεύαζαν εργαλεία και αποδέχονταν την ευθύνη του κυνηγιού και της μάχης, ενώ οι γυναίκες ήταν υπεύθυνες για την ανατροφή των παιδιών, τη συγκέντρωση και τις τυπικές οικιακές υποχρεώσεις. Με βάση τεχνουργήματα και σκελετικά στοιχεία, πιο πρόσφατα αρχαιολογικά στοιχεία υποδηλώνουν ότι σε ορισμένους πολιτισμούς, οι άνδρες συμμετείχαν στην ανατροφή των παιδιών και άλλες οικιακές ευθύνες και ότι οι γυναίκες δημιουργούσαν εργαλεία.
Οι αρχαίοι πολιτισμοί έθαβαν συχνά άντρες ξαπλωμένοι στη δεξιά πλευρά με το κεφάλι στραμμένο προς τα ανατολικά ή βόρεια, ενώ οι γυναίκες τοποθετούνταν στην αριστερή πλευρά με το κεφάλι στραμμένο προς τα νότια ή προς τα δυτικά. Οι αρχαιολόγοι έχουν συχνά ταξινομήσει το φύλο των λειψάνων με βάση τη θέση της ταφής έως ότου η αρχαιολογία φύλου εμβαθύνει, πραγματοποιώντας έλεγχο δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος (DNA) στα λείψανα. Ορισμένα σώματα, που αρχικά θεωρούνταν γυναικεία, ήταν στην πραγματικότητα ανδρικά.
Η διερεύνηση των ταφικών αντικειμένων σε πολλούς πολιτισμούς αποκάλυψε ότι ορισμένες κοινωνίες πίστευαν σε ένα τρίτο φύλο, ή σε άτομα με δύο πνεύματα, τα οποία συχνά ενεργούσαν ως νεκροθάφτες, σαμάνοι ή άλλοι θρησκευτικοί ηγέτες με υψηλό κύρος στην κοινότητα. Κατά τη διάρκεια ορισμένων ερευνών, τα σώματα στολισμένα με κοσμήματα θεωρήθηκαν αρχικά γυναικεία. Περαιτέρω έρευνα έδειξε ότι και τα δύο φύλα φορούσαν κοσμήματα σε ορισμένους πολιτισμούς και ότι ο αριθμός και η τοποθέτηση των στολιδιών καθόριζε με μεγαλύτερη ακρίβεια το φύλο του ατόμου.
Σε ορισμένες κοινωνίες οι γυναίκες απέκτησαν θέση καθώς γερνούσαν. Ένας έμφυλος αρχαιολόγος που μελετούσε ένα ολόκληρο νεκροταφείο ανακάλυψε ότι καθώς οι γυναίκες γερνούσαν σε συγκεκριμένες κοινότητες, οι κοινωνίες τις έθαβαν με πιο εξωφρενικά ρούχα και τεχνουργήματα. Η αρχαιολογία του φύλου ανακάλυψε επίσης ότι οι άνδρες διαφόρων πολιτισμών δεν είχαν πάντα πολιτική και κοινωνική δύναμη. Αντικείμενα και τα λείψανα σε έναν τάφο που αποκαλύφθηκε στη μέση της Ευρώπης και χρονολογείται γύρω στο 500 π.Χ., αποκάλυψαν τον τόπο ταφής μιας πιθανής πριγκίπισσας. Ένας άλλος εκτεταμένος τάφος που βρέθηκε στην Κορέα, και χρονολογείται γύρω στο 400 μ.Χ., δείχνει τον τελευταίο τόπο ανάπαυσης μιας βασίλισσας.