Υπάρχουν μερικά πράγματα που πρέπει να έχουν υπόψη τους οι άνθρωποι για να μπορούν να βλέπουν σωστά τα δείγματα και τις διαφάνειες κάτω από ένα σύνθετο μικροσκόπιο. Πρώτον, το ίδιο το μικροσκόπιο πρέπει να φροντιστεί σωστά, έτσι ώστε ο φακός και τα κινητά κομμάτια να μην καταστραφούν. Η κατανόηση του τρόπου λειτουργίας του μικροσκοπίου και η γνώση ποια κουμπιά ελέγχουν ποια μέρη του μικροσκοπίου είναι επίσης σημαντική στη χρήση του σύνθετου μικροσκοπίου, έτσι ώστε ο χρήστης να μπορεί να προσαρμόσει την εστίαση και τη διαφάνεια χωρίς κανένα πρόβλημα.
Το πρώτο βήμα στη σωστή χρήση του σύνθετου μικροσκοπίου είναι να τοποθετήσετε το μικροσκόπιο σε ένα γερό τραπέζι ή πάγκο. Εάν το τραπέζι δονείται καθώς ο χρήστης κοιτάζει μέσα από το μικροσκόπιο, η διαφάνεια θα είναι δύσκολο να εστιάσετε σωστά. Μόλις τοποθετηθεί το μικροσκόπιο, μπορεί να τοποθετηθεί μια διαφάνεια στη σκηνή και να τοποθετηθεί ο φακός στη θέση του. Κατά την πρώτη εξέταση μιας διαφάνειας, είναι πολύ πιο εύκολο να ξεκινήσετε με τον φακό που έχει τη χαμηλότερη μεγέθυνση, έτσι ώστε το δείγμα να μπορεί να κεντραριστεί πριν χρησιμοποιηθεί υψηλότερη μεγέθυνση.
Μια άλλη συμβουλή για χρήση σύνθετου μικροσκοπίου είναι να ρυθμίσετε την πηγή φωτός, εάν είναι δυνατόν, έτσι ώστε να είναι φωτεινή αλλά όχι τόσο φωτεινή ώστε να πονάει τα μάτια του χρήστη. Όσο πιο φωτεινή είναι η πηγή φωτός, τόσο πιο εύκολο είναι να δείτε μια διαφάνεια. Είναι καλή ιδέα να αποκτήσετε τη συνήθεια να κρατάτε και τα δύο μάτια ανοιχτά όταν κοιτάζετε σε ένα σύνθετο μικροσκόπιο, ακόμα κι αν υπάρχει μόνο ένα οφθαλμικό μάτι για να μην καταπονούνται τα μάτια.
Κατά την εστίαση ενός σύνθετου μικροσκοπίου, η χονδροειδής εστίαση πρέπει να ρυθμίζεται πριν από τη λεπτή εστίαση. Η χονδροειδής εστίαση μετακινεί τη σκηνή πάνω-κάτω σε σημαντικό βαθμό, ενώ η λεπτή εστίαση την μετακινεί ελάχιστα. Κατά τη ρύθμιση του ύψους της σκηνής, ο χρήστης θα πρέπει να προσέχει να μην επιτρέψει στην ολίσθηση να έρθει σε επαφή με το φακό. Σε κατάλληλη χρήση σύνθετου μικροσκοπίου, το δείγμα εστιάζεται στη χαμηλότερη μεγέθυνση και πριν χρησιμοποιηθεί υψηλότερη μεγέθυνση.
Η γνώση του τι κάνει κάθε ένα από τα μέρη του μικροσκοπίου είναι επίσης σημαντικό στη χρήση του σύνθετου μικροσκοπίου. Ένας χρήστης που ξέρει πού να βρει τα χονδροειδή και λεπτή κουμπιά εστίασης ανάλογα με την αίσθηση, θα μπορεί να κάνει προσαρμογές χωρίς να χάνει από τα μάτια του το δείγμα, μια σημαντική ικανότητα κατά την παρατήρηση ζωντανών ή κινούμενων οργανισμών. Είναι επίσης σημαντικό να κατανοήσετε πώς να μετακινήσετε τη διαφάνεια εάν χρειάζεται προσαρμογή, επειδή η εικόνα που φαίνεται μέσα από το μικροσκόπιο είναι και αντίστροφη και ανάποδη.