Η ιατροδικαστική ανάλυση DNA χρησιμοποιείται για την ταυτοποίηση ατόμων χρησιμοποιώντας γενετικά δείγματα. Βασικά, το σύστημα χρησιμοποιεί ένα σύνολο αναγνωριστικών αριθμών για να ταιριάξει δύο διαφορετικά δείγματα. Η ιδέα σχεδιάστηκε για πρώτη φορά από τον Sir Alec Jeffreys στο Πανεπιστήμιο του Leicester το 1985. Σήμερα, είναι μια τυπική πρακτική στη διεξαγωγή ερευνών για εγκλήματα όπως ο φόνος και ο βιασμός.
Η διαδικασία της εγκληματολογικής ανάλυσης DNA ξεκινά με δείγματα DNA από ένα άτομο. Αυτό μπορεί να προέλθει από σωματικά υγρά όπως αίμα, σάλιο ή σπέρμα. Συνήθως λαμβάνεται από προσωπικά αντικείμενα ή αποθηκευμένα δείγματα. Ένα δείγμα αναφοράς πρέπει να γίνει από διάφορες τεχνικές και να συγκριθεί με δείγματα για να προσδιοριστεί η γενετική αντιστοίχιση. Αυτό γίνεται πιο συχνά με τη χρήση στοματικής μπατονέτας, ή μάγουλο, στο στόμα.
Υπάρχουν διάφοροι τρόποι δημιουργίας δείγματος DNA. Ο πολυμορφισμός μήκους περιοριστικού θραύσματος χρησιμοποιεί μια διαδικασία πέψης που προσδιορίζει το DNA ενός ατόμου. Ωστόσο, αυτή η μέθοδος καθιστά τα μεμονωμένα χρωμοσώματα δύσκολο να αναγνωριστούν. Η αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης έχει το πλεονέκτημα της χρήσης μικρών αρχικών δειγμάτων και μπορεί να ταυτοποιήσει στενά το DNA. Περιορίζεται με μικτά δείγματα όπως αίμα και σάλιο. Η ανάλυση σύντομης διαδοχικής επανάληψης είναι η πιο συχνά χρησιμοποιούμενη μέθοδος. Χρησιμοποιεί επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες βάσεων DNA για να κάνει ταίρια.
Η ιατροδικαστική ανάλυση DNA βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στις βάσεις δεδομένων DNA του κόσμου. Πρόκειται για μεγάλες συλλογές γενετικής κωδικοποίησης που οι εγκληματολόγοι μπορούν να αντιστοιχίσουν το ύποπτο DNA με ήδη καταγεγραμμένα δείγματα. Ορισμένες από αυτές τις βάσεις δεδομένων είναι ιδιωτικές, ωστόσο, οι περισσότερες διαχειρίζονται κρατικές υπηρεσίες. Η μεγαλύτερη από αυτές τις βάσεις δεδομένων DNA είναι το Combined DNA Index System που διαχειρίζεται η κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών. Από το 2007, είχε πάνω από πέντε εκατομμύρια δίσκους.
Στις πρώτες μέρες της ιατροδικαστικής ανάλυσης DNA στη δεκαετία του 1980, υπήρχαν ανησυχίες σχετικά με την πιθανότητα να χρησιμοποιηθεί DNA για τη δίωξη εγκληματιών. Ωστόσο, καθώς έγιναν πρόοδοι, οι αρχές επιβολής του νόμου καθόρισαν ότι οι ατομικοί αγώνες μπορούσαν να καταδικάσουν και να αθωώσουν άτομα σε υποθέσεις. Αυτό τυποποιήθηκε με τον περιορισμό της έκθεσης του DNA σε ξένες ουσίες στα εργαστήρια και άλλα στοιχεία σε περιπτώσεις.
Μια πτυχή της ανάλυσης DNA στην εγκληματολογία είναι η χρήση γενετικού υλικού από μέλη της οικογένειας ενός υπόπτου. Συχνά ένας στενά συγγενής ύποπτος μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη δημιουργία ενός αγώνα. Ωστόσο, αυτή η ιδέα δέχεται μια σειρά από ανησυχίες λόγω του γεγονότος ότι δεν απαιτείται ακριβής αντιστοίχιση. Επιπλέον, η αναζήτηση για ταιριαστό DNA οδηγεί σε φυλετικό προφίλ, το οποίο μπορεί να ταιριάξει με άτομα που δεν σχετίζονται.