Ένας μοριακός δείκτης, που αναφέρεται επίσης ως γενετικός δείκτης, είναι μια συγκεκριμένη αλληλουχία δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος ή DNA, που είναι αναγνωρίσιμη στο πλαίσιο ενός ολόκληρου γονιδιώματος. Οι ερευνητές χρησιμοποιούν μοριακούς δείκτες για να παρακολουθούν τις θέσεις συγκεκριμένων γονιδίων ή άλλων αξιοσημείωτων αλληλουχιών DNA μέσα σε μια μεγαλύτερη αλυσίδα DNA. Ορισμένοι μοριακοί δείκτες μπορούν να αναγνωριστούν μόνο με την εξέταση της αλληλουχίας γενετικών πληροφοριών, ενώ άλλοι μπορούν να αναγνωριστούν με οπτική εξέταση ενός οργανισμού. Αυτοί οι δείκτες εξυπηρετούν πολλούς σκοπούς στη βιολογική έρευνα, συμπεριλαμβανομένων εκείνων ακαδημαϊκής φύσης και εκείνων που είναι πιο θεραπευτικοί. Οι ακαδημαϊκές εφαρμογές μπορεί να περιλαμβάνουν καταλογογράφηση γονιδίων που επηρεάζουν συγκεκριμένα χαρακτηριστικά, ενώ οι θεραπευτικές εφαρμογές περιλαμβάνουν έρευνα δεικτών για να βοηθήσουν στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών με την ελπίδα θεραπείας της νόσου.
Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί τύποι μοριακών δεικτών διαφορετικών μηκών και διαμορφώσεων που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για πολλούς διαφορετικούς σκοπούς. Μερικά εμφανίζονται φυσικά ενώ άλλα έχουν αναπτυχθεί ειδικά από ερευνητές για να επισημάνουν τις θέσεις ορισμένων αλληλουχιών DNA. Μπορούν να χρησιμοποιηθούν διάφορες εργαστηριακές διεργασίες για την προσθήκη μοριακών δεικτών σε συγκεκριμένες αλληλουχίες DNA ή για τη συναρμογή κλώνων DNA σε σημεία που υποδεικνύονται από την παρουσία μοριακών δεικτών. Η εφαρμογή κάποιων τεχνικών που βασίζονται σε τέτοιους δείκτες επιτρέπει στους ερευνητές να κάνουν «γενετικούς χάρτες» που περιέχουν τις κωδικοποιημένες γενετικές πληροφορίες ενός δεδομένου οργανισμού.
Οι μοριακοί δείκτες πρέπει να διαθέτουν μερικά διακριτά χαρακτηριστικά προκειμένου να είναι χρήσιμοι στους ερευνητές. Για παράδειγμα, πρέπει να είναι εύκολο να εντοπιστούν και να ταυτοποιηθούν με βεβαιότητα, καθώς οποιαδήποτε αμφιβολία θα μπορούσε να θέσει υπό αμφισβήτηση τα τελικά αποτελέσματα πειραμάτων που βασίζονται σε δείκτες. Πρέπει επίσης να είναι πολυμορφικά, που σημαίνει ότι διαφορετικές μορφές του γονιδίου που κωδικοποιείται από τον δείκτη υπάρχουν σε διαφορετικούς οργανισμούς του ίδιου είδους και έχουν ως αποτέλεσμα κάποια μορφή αλλαγής στους οργανισμούς. Γενικά, υπάρχουν ελάχιστες πληροφορίες που μπορούν να ληφθούν από μη πολυμορφικές τοποθεσίες. Επίσης, οι πολυμορφισμοί οδηγούν σε ορατές αλλαγές, όπως το χρώμα των ματιών ή τη δομή των φτερών, που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό των οργανισμών που έχουν τη συγκεκριμένη γενετική σύνθεση.
Διάφορες διαδικασίες στη βιολογική έρευνα χρησιμοποιούν μοριακούς δείκτες για ένα ευρύ φάσμα σκοπών. Συνήθως χρησιμοποιούνται για να προσδιορίσουν τον τρόπο με τον οποίο συγκεκριμένα φυσικά χαρακτηριστικά ή συνθήκες συνδέονται με γενετικές μεταβλητές. Μερικές φορές, αυτό γίνεται για καθαρά ακαδημαϊκούς σκοπούς, καθώς οι ερευνητές ενδιαφέρονται συχνά να προσδιορίσουν ποια γονίδια επηρεάζουν ποια φυσικά χαρακτηριστικά. Μπορεί όμως να χρησιμοποιηθεί και για θεραπευτικούς σκοπούς. Ορισμένες γενετικές παραλλαγές, για παράδειγμα, μπορούν να οδηγήσουν σε ασθένεια, επομένως η διερεύνηση των παραλλαγών σε πολυμορφικούς μοριακούς δείκτες μπορεί να οδηγήσει τους ερευνητές σε κάποια εικόνα σχετικά με τη φύση των γενετικών ασθενειών.