Ένας δείκτης μοριακού βάρους είναι ένα μόριο που χρησιμοποιείται για να παρέχει μια εκτίμηση του μεγέθους των μορίων που υποβάλλονται σε ηλεκτροφόρηση γέλης. Αυτή είναι μια τεχνική στην οποία το DNA, το RNA ή οι πρωτεΐνες διαχωρίζονται κατά μέγεθος, χρησιμοποιώντας ηλεκτρικό ρεύμα σε ένα πήκτωμα. Αυτός ο όρος δεν πρέπει να συγχέεται με μοριακούς δείκτες στη γενετική — περιοχές στις οποίες το DNA ενός οργανισμού διαφέρει από τον υπόλοιπο πληθυσμό και μπορεί να αναγνωριστεί με έναν ανιχνευτή DNA.
Οι δείκτες μοριακού βάρους πρωτεΐνης χρησιμοποιούνται συνήθως όταν οι πρωτεΐνες διαχωρίζονται με ηλεκτροφόρηση γέλης. Ο δείκτης μοριακού βάρους είναι μια ομάδα πρωτεϊνών γνωστού μοριακού βάρους, οι οποίες παρέχονται γενικά από εταιρείες βιοτεχνολογίας σε ένα συγκεκριμένο εύρος μεγεθών. Κάποιος επιλέγει το εύρος μεγέθους με βάση τα δείγματα που μελετώνται. Οι δείκτες μοριακού βάρους φορτώνονται μαζί και διαχωρίζονται κατά τη διάρκεια της εκτέλεσης. Μετρώντας την απόσταση που διανύουν οι δείκτες και η πρωτεΐνη που μας ενδιαφέρει, μπορεί κανείς να προσδιορίσει το μέγεθος της πειραματικής πρωτεΐνης.
Διαφορετικοί τύποι δεικτών μπορούν να απεικονιστούν με διαφορετικούς τρόπους. Μερικοί από τους μοριακούς δείκτες δεν είναι σημασμένοι και χρωματίζονται στο πήκτωμα με τις υπόλοιπες πρωτεΐνες. Δεν είναι ορατά μέχρι να λερωθεί ολόκληρο το τζελ. Άλλοι τύποι μοριακών δεικτών πρωτεΐνης έρχονται προ-χρωματισμένοι με χρώματα και κάθε τύπος πρωτεΐνης έχει διαφορετικό χρώμα. Ο διαχωρισμός είναι ορατός καθώς το τζελ τρέχει.
Ένα πλεονέκτημα ενός προχρωματισμένου δείκτη μοριακού βάρους είναι για στυπώματα Western. Αυτή είναι μια τεχνική κατά την οποία οι πρωτεΐνες μεταφέρονται σε μια μεμβράνη και στη συνέχεια χρωματίζονται με αντισώματα για την ανίχνευση μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης. Η ύπαρξη έγχρωμων δεικτών βοηθά στον προσδιορισμό του εάν η μεταφορά των πρωτεϊνών έχει ολοκληρωθεί πριν προχωρήσει κανείς στην υπόλοιπη διαδικασία.
Οι δείκτες μοριακού βάρους χρησιμοποιούνται συνήθως για την ανάλυση DNA σε γέλες. Συχνά, οι μοριακοί δείκτες DNA παράγονται από τον βακτηριακό ιό λάμδα. Τα περιοριστικά ένζυμα παράγονται από βακτήρια για την πέψη του DNA των οργανισμών εισβολής και το ένζυμο περιορισμού HindIII χρησιμοποιείται συχνά για την αποικοδόμηση του DNA λάμδα. Παράγει μια σειρά από διαφορετικού μεγέθους, αναπαραγώγιμα θραύσματα γνωστά ως σκάλα DNA. Συγκρίνοντας την απόσταση που διανύουν τα πρότυπα σε λογαριθμική κλίμακα, μπορεί κανείς να προσδιορίσει το μέγεθος των θραυσμάτων DNA που αναλύονται.
Αυτός ο δείκτης μοριακού βάρους DNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση του μεγέθους του DNA που παράγεται κατά την απομόνωση γονιδίων και σε πειράματα γενετικής μηχανικής. Μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί κατά τη διάρκεια της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR), στην οποία μικρές ποσότητες DNA ή RNA ενισχύονται για την παραγωγή μεγάλων ποσοτήτων προϊόντος. Οι τεχνικές PCR συνδέονται συνήθως με τον έλεγχο πατρότητας και την ιατροδικαστική επιστήμη, αλλά είναι επίσης πολύ κοινές στην ιατρική και βασική βιολογική έρευνα. Διατίθενται ειδικοί δείκτες μοριακού βάρους για μικρότερα προϊόντα που παράγονται από ορισμένους τύπους PCR ή μικρά μόρια RNA.