Η ιστορία της κρατικής σημαίας του Νιού Χάμσαϊρ απεικονίζει την ισχυρή υποστήριξη των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής από την πολιτεία μετά την ανεξαρτησία του έθνους από τη Μεγάλη Βρετανία το 1781. Στη σημαία απεικονίζεται η κρατική σφραγίδα του Νιού Χάμσαϊρ, που περιβάλλεται από ένα δαχτυλίδι με εννέα αστέρια διάσπαρτα με φύλλα δάφνης σε σκούρο μπλε φόντο. Το νομοθετικό σώμα της Πολιτείας του Νιου Χάμσαϊρ υιοθέτησε την επίσημη σημαία του το 1909. Πριν από τότε, το Νιου Χάμσαϊρ δεν είχε επίσημη κρατική σημαία, αλλά έφερε σημαίες των διαφόρων συνταγμάτων της πολιτείας.
Η κρατική σημαία του Νιου Χάμσαϊρ αντανακλά πολλά άλλα κρατικά σύμβολα που θυμίζουν τον Αμερικανικό Πόλεμο για την Ανεξαρτησία από τη Μεγάλη Βρετανία. Εννέα αστέρια αντιπροσωπεύουν το Νιου Χάμσαϊρ ως την ένατη πολιτεία που εντάχθηκε στις νεοσύστατες Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής στις 21 Ιουνίου 1788. Η κρατική σφραγίδα του Νιου Χάμσαϊρ, η οποία στηρίζεται στο κέντρο του βαθύ μπλε φόντο της σημαίας, απεικονίζει το ιστορικό πολεμικό πλοίο USS Raleigh, που ναυπηγήθηκε στο Πόρτσμουθ , Νιου Χάμσαϊρ, το 1776. Το USS Raleigh ήταν ένα από τα πρώτα δεκατρία πολεμικά πλοία φρεγάτας που παραγγέλθηκαν από το Continental Congress. Αυτό το πολεμικό πλοίο είναι επίσης γνωστό ως το πρώτο πλοίο που έφερε αμερικανική σημαία σε ναυμαχία.
Αρχικά, η κρατική σφραγίδα του Νιου Χάμσαϊρ απεικόνιζε ένα πεύκο με όρθια ψάρια που πλαισιώνονται από δέσμες βελών. Το Πρώτο Επαρχιακό Συνέδριο δημιούργησε τη σφραγίδα το 1775 για να αντικατοπτρίζει τους φυσικούς πόρους του Νιού Χάμσαϊρ μεταξύ των αποικιών. Το νέο νομοθετικό σώμα του Νιου Χάμσαϊρ άλλαξε τη σφραγίδα το 1784 για να αντιπροσωπεύει ένα πλοίο πριν από τον ανατέλλοντα ήλιο, αλλά δεν υιοθέτησε επίσημα τη σφραγίδα ως κρατικό πρότυπο. Οι καλλιτέχνες επεξεργάστηκαν ελεύθερα τη σφραγίδα με τα χρόνια, προς μεγάλη αγωνία των νομοθετών της πολιτείας, με τις προσθήκες ναυτικών στο πλοίο ή στην αποβάθρα του και ακόμη και με βαρέλια με ρούμι. Το 1909, η συνέλευση του Νιου Χάμσαϊρ τυποποίησε την κρατική σφραγίδα και την αναθεώρησε το 1931 στην τελική εικόνα που απεικονίζεται σήμερα.
Η κρατική σημαία του Νιου Χάμσαϊρ ψηφίστηκε από τα μέλη της Βορειοαμερικανικής Βεξιλολογικής Εταιρείας (NAVA) ως μία από τις δέκα χειρότερες σημαίες της Βόρειας Αμερικής. Η σημαία του Νιου Χάμσαϊρ, που περιφρονείται ως τύπος «σφραγίδας σε σεντόνι», δεν είναι τόσο διακριτική και κατανοητή όσο οι τολμηρές και πολύχρωμες σημαίες άλλων πολιτειών, όπως οι σημαίες του Τέξας, της Αριζόνα και της Αλάσκας. Η κρατική σημαία του Νιου Χάμσαϊρ ξεχωρίζει επίσης καθώς είναι η μόνη κρατική σημαία που απεικονίζει άλλη πολιτεία. Μέσα στην κρατική σφραγίδα, το USS Raleigh βρίσκεται στο ναυπηγείο του Πόρτσμουθ, αρχικά στη Μασαχουσέτη αλλά τώρα βρίσκεται στο Μέιν.