Τα ενδιαιτήματα που απειλούνται είναι περιοχές γης, ιδιαίτερα δάση, που κινδυνεύουν να εξαφανιστούν. Τα φυτά, τα ζώα και τα πτηνά που ζουν σε αυτά τα εδάφη κινδυνεύουν στη συνέχεια σε κίνδυνο ή, σε ακραίες συνθήκες, εξαφάνιση. Υπάρχουν απειλούμενα ενδιαιτήματα σε όλο τον κόσμο, αλλά μερικά από τα πιο γνωστά βρίσκονται σε τροπικά τροπικά δάση.
Από τον ορισμό του, ένας βιότοπος είναι ένας τόπος όπου ζουν ορισμένα είδη και οργανισμοί. Τα ενδιαιτήματα μπορεί να είναι δάση, έλη, λιβάδια και έρημοι. Όταν αυτά τα εδάφη καταπατούνται ή καταστρέφονται με κάποιον τρόπο, συχνά λέγεται ότι απειλούνται τα ενδιαιτήματα. Τα απειλούμενα ενδιαιτήματα μπορεί να προκληθούν από έναν αριθμό παραγόντων, συμπεριλαμβανομένης της ανθρώπινης ανάπτυξης, της φυσικής καταστροφής ή της ρύπανσης. Ένας απειλούμενος βιότοπος διαφέρει από ένα απειλούμενο είδος, αν και τα δύο συχνά συμβαδίζουν.
Ένας από τους μεγαλύτερους κινδύνους ενός απειλούμενου οικοτόπου είναι η απώλεια της αυτοφυούς φυτικής και ζωικής ζωής. Όταν ένας βιότοπος απειλείται, τα φυτά εκεί μπορεί να αρχίσουν να υποφέρουν και τα αυτοφυή ζώα συχνά αναζητούν καταφύγιο αλλού. Τις περισσότερες φορές, αυτού του είδους η αναγκαστική αλλαγή τρόπου ζωής οδηγεί σε μείωση του πληθυσμού. Η πλειοψηφία των ζώων στον διεθνή κατάλογο ειδών υπό εξαφάνιση κινδυνεύουν εν μέρει επειδή αποδεκατίζονται οι φυσικοί τους βιότοποι.
Τα περισσότερα απειλούμενα ενδιαιτήματα απειλούνται λόγω ανθρώπινων δραστηριοτήτων. Η εκκαθάριση γης για αναπτυξιακούς σκοπούς είναι μία από τις κύριες αιτίες απειλούμενων οικοτόπων. Καθώς ο πληθυσμός του πλανήτη επεκτείνεται, οι άνθρωποι χρειάζονται περισσότερο χώρο και στρέφονται προς την ενδοχώρα για να αναπτύξουν κάποτε ακατοίκητες δασικές εκτάσεις.
Οι υλοτομικές και γεωργικές δραστηριότητες είναι επίσης κοινοί ένοχοι. Η οικοδόμηση σπιτιών και άλλων κατασκευών απαιτεί συνήθως ξύλο και το ξύλο παλαιών δασών και τροπικών σκληρών ξύλων είναι συχνά πολύτιμο. Οι υλοτόμοι, ιδιαίτερα στον αναπτυσσόμενο κόσμο, θα καθαρίσουν τα δάση για να βγάλουν μετρητά-αλλά συχνά τους λείπουν οι πόροι ή η τεχνογνωσία για να συνδεθούν με τέτοιο τρόπο ώστε τα επιζώντα δέντρα να μπορούν να αναγεννηθούν. Ως αποτέλεσμα, πολλά από τα πιο σπάνια ζώα και φυτά του κόσμου βρίσκουν ότι τα ενδιαιτήματά τους συρρικνώνονται γύρω τους. Η ρύπανση, ιδιαίτερα με τη μορφή πετρελαιοκηλίδων, χημικών απορροών και αιθαλομίχλης, βλάπτει επίσης τα ενδιαιτήματα.
Ομάδες προστασίας σε όλο τον κόσμο έχουν ξεκινήσει να αποκαθιστούν και να διατηρούν ό, τι έχει απομείνει από απειλούμενα ενδιαιτήματα. Μερικές από τις εργασίες που κάνουν αυτές οι ομάδες είναι πρακτικές, συμπεριλαμβανομένων των ημερών καθαρισμού και των έργων αναφύτευσης. Περισσότερο βασίζεται στην ευαισθητοποίηση. Οι ομάδες αυξάνουν την ευαισθητοποίηση των οικοτόπων στις κοινότητες, ασκούν πιέσεις στις κυβερνήσεις και προσπαθούν να επηρεάσουν τις πολιτικές διατήρησης σε εθνικό και διεθνές επίπεδο. Στις περισσότερες περιπτώσεις, τα απειλούμενα ενδιαιτήματα δεν μπορούν ποτέ να αποκατασταθούν πλήρως – αλλά συνήθως μπορούν να διατηρηθούν και οι ζημιές μπορεί συχνά να μετριαστούν τουλάχιστον.