În timp ce mulți alergători simt imediat beneficiile alergării desculți, alți alergători s-ar putea să nu fie convinși că practica este sigură sau benefică, motiv pentru care dezbaterea tinde să continue. Unele studii au concluzionat că beneficiile alergării desculțe includ mai puțin stres asupra picioarelor și picioarelor, în timp ce altele spun că beneficiile sunt neglijabile sau chiar inexistente. Piciorul va tinde să se miște mai natural atunci când alergați desculț, spre deosebire de alergarea într-un pantof căptușit, ceea ce poate reduce riscul de leziuni ale țesuturilor moi sau chiar fracturi la picior.
Poate că cel mai semnificativ dintre beneficiile alergării desculț este impactul redus îndurat de alergătorii desculți. Oamenii care aleargă în pantofi căptușiți tind să aterizeze mai întâi călcâiul în timpul pasului de alergare, ceea ce înseamnă că o cantitate semnificativă de forță este transferată picioarelor și picioarelor. Alergătorii desculți au tendința de a ateriza în schimb pe mingele picioarelor, ceea ce amortizează mai bine impactul și împiedică transferul aceleiași cantități de forță asupra picioarelor și picioarelor. Beneficiile alergării desculțe în acest caz înseamnă un potențial mai mic de rănire și o apariție redusă a oboselii premature.
Alergarea cu adidași căptușiți poate slăbi de fapt piciorul, oferind un exces de sprijin în arc și călcâi. Un picior mai slab înseamnă o probabilitate mai mare de rănire, în special la picior și gleznă. Unul dintre beneficiile alergării desculț este capacitatea de a întări mușchii, tendoanele, ligamentele și chiar cartilajele prezente în picior, ceea ce reduce probabilitatea de rănire și poate crește mobilitatea și stabilitatea picioarelor și picioarelor. Trecerea între alergarea cu pantofi și alergatul desculț trebuie făcută cu atenție și treptat, totuși, deoarece piciorul slăbit nu va fi obișnuit cu noul mediu. Este posibil ca mersul alergătorului să fie ajustat, astfel încât el sau ea să aterizeze pe picioare când aleargă în loc de călcâie.
Un potențial dezavantaj al alergării desculțe este expunerea la intemperii, precum și la terenul denivelat sau inconfortabil. Chiar și după ce se dezvoltă calusuri la picioare, alergătorul va risca să aibă răni perforate de la resturile împrăștiate pe sol, care la rândul lor pot duce la infecții precum tetanos. Alergarea peste diferite tipuri de resturi poate fi, de asemenea, inconfortabilă pentru unii alergători și există un risc mai mare pentru alte răni, cum ar fi degetele de la picioare, care pot duce la fracturi. Au fost dezvoltați pantofi speciali, fără pernițe, cu fante individuale pentru degetele de la picioare, pentru a permite mișcarea naturală a piciorului, oferind în același timp o anumită protecție împotriva reziduurilor.