Ciało migdałowate, nazwane tak, ponieważ przypomina migdał, to zestaw jąder w mózgu położonych blisko siebie i dlatego zgrupowanych pod tą samą nazwą. Do najbardziej znanych należą kompleks podstawno-boczny, jądro przyśrodkowe i jądro korowe. Ciało migdałowate jest częścią układu limbicznego, odpowiedzialnego za regulację emocji. Najczęściej wiąże się z emocjami strachu i lęku, a jego wielkość jest pozytywnie skorelowana z poziomem agresji u danego gatunku. Wiąże się to również z emocją przyjemności, choć głównie w sensie negatywnym, tj. przyjemności nieodłącznie związanej z agresją.
Istnieją dwa ciała migdałowate, symetrycznie rozmieszczone w pobliżu środka mózgu, tuż nad podwzgórzem. Każdy z nich ma około 1 cala (2.54 cm) długości. W ostatnich dziesięcioleciach tej konstrukcji poświęcono wiele uwagi i była ona przedmiotem wielu projektów badawczych.
Ciało migdałowate odgrywa kluczową rolę w tak zwanej „sieci kontroli odpowiedzi obronnej ogólnego przeznaczenia” i reaguje w odpowiedzi na nieprzyjemne widoki, odczucia lub zapachy. Gniew, unikanie i defensywność to emocje aktywowane głównie przez tę część mózgu. Jej ewolucyjne początki sięgają wczesnych ryb i ma bezpośrednie powiązania z jednym z najstarszych obszarów sensorycznych, opuszki węchowej. Ciało migdałowate jest odpowiedzialne za aktywację pierwotnych oznak niepokoju, takich jak „napięte usta” i postawy obronne, takie jak kucanie.
Jak wiele części układu limbicznego, funkcjonowanie ciała migdałowatego nie jest związane wyłącznie z żadną jedną emocją. Słabe funkcjonowanie ciała migdałowatego wiąże się z lękiem, autyzmem, depresją, narkolepsją, zespołem stresu pourazowego, fobiami i schizofrenią. Badania nad zmianami na małpach wykazały, że gdy ta struktura jest osłabiona przed szóstym miesiącem życia, osobniki mają trudności z przystosowaniem się do życia społecznego. Dzieje się tak, ponieważ ciało migdałowate jest niezbędne nie tylko do doświadczania emocji takich jak strach, ale także do modelowania i szybkiego rozpoznawania obecności tych emocji u innych. W ten sposób uszkodzony stał się kojarzony z autyzmem lub ślepotą społeczną.
U ludzi ciało migdałowate jest strukturą mózgu, która różni się najbardziej w zależności od płci. Kiedy samce są kastrowane, ich rozmiar zmniejsza się o 30%. Depresja została powiązana z asymetrycznymi rozmiarami ciała migdałowatego.