Istnieje wiele zalet struktury organizacyjnej, zwłaszcza struktury, która jest jasna i określona. Gdy organizacja ma odpowiednią strukturę, może działać wydajniej, zwłaszcza gdy wszyscy pracownicy — od pracowników zatrudnionych w niepełnym wymiarze godzin po wyższe kierownictwo — wiedzą, za co są odpowiedzialni i kiedy wyraźnie wyznaczono działy. Im większą strukturę ma organizacja, tym lepiej będzie ona ogólnie funkcjonować.
Jedną z zalet struktury organizacyjnej jest jasne określenie podziału zadań i odpowiedzialności za nadzór. Organizacja, która jest optymalnie zorganizowana, powinna być w stanie stworzyć schemat organizacyjny pokazujący, którzy pracownicy i działy są pod nadzorem których menedżerów i kadry kierowniczej, co jest zwykle oznaczane tytułami stanowisk. Dokładne określenie hierarchii organizacyjnej oznacza, że pracownicy powinni wiedzieć, do kogo powinni się udać, gdy mają różne pytania lub wątpliwości.
Organizacja, która ma hierarchiczny schemat blokowy, może również mieć jasno określone podziały działów i szczegółowe opisy stanowisk dla wszystkich pracowników. Pomoże to zapewnić, że wszyscy pracownicy i działy zrozumieją swoje obowiązki i ułatwi szkolenie nowych lub przenoszenie pracowników. Szkolenie krzyżowe pracowników będzie również możliwe do zarządzania w zorganizowanym systemie pracy. Taka struktura powinna również pomóc uniknąć nakładania się obowiązków i powielania usług, co pozwoli zaoszczędzić czas i pieniądze organizacji oraz zwiększyć wydajność.
Jeśli organizacja lub firma jest zorganizowana w sposób opisany powyżej, łatwo jest okresowo ponownie oceniać cele organizacji, a także postępy, które są w ich kierunku czynione. Będąc strukturalnie zdrową organizacją, mogą oni łatwiej tworzyć plany działania w celu rozwiązania wszelkich problemów, takich jak niska rentowność w określonym obszarze lub trudności z obsługą klienta. Plan działania będzie zawierał adresowany cel, proponowane działania mające na celu poprawę wydajności oraz osoby lub działy odpowiedzialne za ich realizację. Opisy stanowisk, układy i hierarchia działów są jasno określone, więc decyzja, kto powinien rozwiązywać problemy, powinna być prostym procesem.
Kolejną zaletą struktury organizacyjnej jest to, że może pomóc w podniesieniu morale pracowników. Kiedy pracownicy dokładnie wiedzą, jakie są ich obowiązki i za co odpowiadają inni pracownicy, mają większe szanse na poczucie bezpieczeństwa w swojej pracy. Posiadanie wyczerpującego opisu stanowiska pracy eliminuje frustrację pracowników, gdy nie są pewni, co mają robić. Im bardziej komfortowo czują się wszyscy pracownicy ze swoimi obowiązkami zawodowymi, tym większe prawdopodobieństwo, że będą mieli wysokie morale i utrzymają swoje stanowiska. Zwiększy to rentowność i sukces firmy, biznesu lub organizacji.