Kompleksowe zarządzanie jakością to system zapewniania jakości, który firmy mogą wdrożyć w swoich działaniach. Chociaż system przynosi firmie wiele korzyści, istnieje również kilka wad całkowitego zarządzania jakością. Te wady mogą obejmować wysokie koszty wdrożenia, niewidoczne korzyści na wczesnym etapie oraz opór pracowników przed zmianą. Firmy muszą porównać korzyści z wadami, aby ocenić, czy całościowe zarządzanie jakością sprawdzi się w firmie. Dogłębne zrozumienie potencjalnych upadków może również pomóc firmie w ocenie procesu integracji, jeśli to konieczne.
Jak każda poważna zmiana lub zmiana w firmie, całkowite zarządzanie jakością jest często kosztownym projektem. Właściciele i kadra kierownicza muszą dokładnie obliczyć koszty związane z programem zapewniania jakości. Konieczna jest również analiza korzyści płynących z wdrożenia. W wielu przypadkach kompleksowe zarządzanie jakością nie jest działalnością gospodarczą przynoszącą dochód. Większość świadczeń ma charakter niefinansowy; dlatego firmy nie mogą oczekiwać, że pokryją bezpośrednie koszty tego programu poprzez wyższą sprzedaż, być może najważniejszą ze wszystkich wad całkowitego zarządzania jakością.
Podobnie jak w przypadku analizy kosztów i korzyści, korzyści z całkowitego zarządzania jakością mogą nie być czymś, czego firma od razu doświadcza. Kompleksowe zarządzanie jakością musi rozpocząć się na długo, zanim firma dostrzeże jakąkolwiek zmianę w zadowoleniu klienta lub inne zmiany. Głównym problemem jest to, że firma wydaje pieniądze na projekt, który może, ale nie musi, przynieść wymierne korzyści. Właściciele i kadra kierownicza mogą szybko zmęczyć się projektem, który nie przynosi rzeczywistych, natychmiastowych korzyści. Koszty wdrożenia, które wciąż rosną, mogą również zmniejszyć wszelkie korzyści, które mogą wynikać z całkowitego zarządzania jakością.
Kolejną wadą kompleksowego zarządzania jakością jest odporność na zmiany. Menedżerowie i pracownicy mogą nie być otwarci na zmiany w standardowych praktykach biznesowych. Właściciele i kadra kierownicza muszą być w stanie wykazać, dlaczego kompleksowe zarządzanie jakością stworzy lepsze środowisko pracy niż wcześniej. Dodatkowo, potencjalne korzyści muszą być czymś, co każdy dział będzie w stanie osiągnąć jako cel. Powolne wdrażanie lub brak natychmiastowych korzyści może również przyczynić się do zmiany oporu.
Firma może mieć inne wady kompleksowego zarządzania jakością niż te wymienione tutaj. Zespół operacyjny i zarządzający to często dwa czynniki, które decydują o sukcesie kompleksowego zarządzania jakością. Na przykład firma zatrudniająca głównie niewykwalifikowanych pracowników może mieć trudności z pomyślnym wdrożeniem kompleksowego zarządzania jakością. Kolejną wadą może być niezdolność do czerpania jakichkolwiek korzyści ze zmiany operacji biznesowych. Rezultatem są dodatkowe koszty i bardziej rygorystyczne warunki pracy dla pracowników.