Skutki uboczne fosfatydyloseryny są zwykle stosunkowo łagodne, o ile użytkownik przyjmuje bezpieczne ilości leku. Obejmują one zwykle jedynie łagodne dolegliwości żołądkowo-jelitowe. W przypadku przyjmowania z innymi lekami, zwłaszcza niektórymi rodzajami leków rozrzedzających krew, skutki uboczne fosfatydyloseryny mogą obejmować rozrzedzenie krwi do niezdrowego poziomu. Innym problemem związanym z przyjmowaniem fosfatydyloseryny jest to, że naukowcy nie określili w pełni bezpiecznych maksymalnych dawek leku dla dzieci lub osób starszych, dlatego pacjenci z tych grup powinni spożywać tylko niewielkie ilości leku.
Fosfatydyloseryna jest substancją chemiczną należącą do fosfolipidowej klasy związków chemicznych. Jest ważną częścią błony komórkowej, a organizm człowieka sam wytwarza jej niewielkie ilości. Istnieją dowody sugerujące, że uzupełnianie naturalnych poziomów fosfatydyloseryny w organizmie może prowadzić do poprawy funkcji umysłowych. W rezultacie naukowcy uważają, że lek może pomóc w leczeniu niektórych chorób psychicznych, takich jak choroba Alzheimera, depresja i zespół nadpobudliwości psychoruchowej z deficytem uwagi (ADHD).
Początkowo firmy farmaceutyczne wykorzystywały mózgi krów do pozyskiwania fosfatydyloseryny do suplementów. Pojawiły się jednak obawy, że ta metoda może powodować skutki uboczne fosfatydyloseryny, które obejmują zarażenie się szkodliwymi wirusami, takimi jak choroba szalonych krów. Fosfatydyloseryna pochodzi z substancji roślinnych, chociaż istnieją dowody sugerujące, że suplement jest mniej skuteczny, gdy jego źródłem są warzywa.
Istnieją również dowody sugerujące, że fosfatydyloseryna może być korzystna dla sportowców. Substancja może powodować nieznaczne zmniejszenie wydzielania kortyzolu przez organizm podczas treningu. Kortyzol powoduje rozpad mięśni, co może ograniczać ich wzrost i prowadzić do bolesności, co opóźnia przyszłe treningi. Ograniczenie kortyzolu może pomóc sportowcom w szybszym budowaniu mięśni. Aby jednak osiągnąć tę korzyść, sportowiec musi przyjmować duże ilości fosfatydyloseryny, co z kolei w większym stopniu naraża go na skutki uboczne fosfatydyloseryny.
Największe obawy budzą skutki uboczne fosfatydyloseryny, które wiążą się z jej interakcją z różnymi lekami rozrzedzającymi krew. Ten problem pojawia się najczęściej, gdy badani biorą ginko. Ginko, podobnie jak fosfatydyloseryna, pomaga w funkcjonowaniu psychicznym, więc często zdarza się, że badani biorą oba leki. Ginko jest jednak rozcieńczalnikiem krwi, a dowody sugerują, że fosfatydyloseryna może nasilać działanie ginko, prawdopodobnie do szkodliwych poziomów. Może to być również prawdą, gdy badani przyjmują fosfatydyloserynę z innymi lekami rozrzedzającymi krew, takimi jak warfaryna, aspiryna, pentoksyfilina, klopidogrel, tyklopidyna, czosnek i witamina E.