Ένα υπό εξαφάνιση οικοσύστημα είναι ένα φυσικό περιβάλλον που απειλείται με κατάρρευση και εξαφάνιση λόγω ανθρώπινης δραστηριότητας, ρύπανσης και εξαφάνισης ειδών ή υπερπληθυσμού μεταξύ άλλων παραγόντων. Ζωντανές και μη ζωντανές οντότητες αλληλεπιδρούν, σχηματίζουν αλληλοεξαρτώμενες σχέσεις και ανταλλάσσουν ενέργεια και ύλη σε οικοσυστήματα που μπορεί να είναι τόσο μεγάλα όσο ο πλανήτης ή τόσο μικρά όσο ένα ιχθυοπώλ. Όταν διαταράσσεται η αλληλεξάρτηση μεταξύ των ειδών ενός περιβάλλοντος και των φυσικών και χημικών παραγόντων, το οικοσύστημα κινδυνεύει και μπορεί ενδεχομένως να διαλυθεί τελείως. Οι συνέπειες της κατάρρευσης των οικοσυστημάτων περιλαμβάνουν τη μαζική εξαφάνιση, τους πληθυσμούς των ειδών που ξεπερνούν τον έλεγχο, τη διακοπή της παροχής ανθρώπινων τροφίμων, τη διάβρωση, τις πλημμύρες, την επιτάχυνση της κλιματικής αλλαγής και την αποσάθρωση μεγάλων περιοχών του φυσικού περιβάλλοντος.
Υπάρχουν πολλές φυσικές και ανθρώπινες αιτίες ενός απειλούμενου οικοσυστήματος, αιτίες που συχνά διαταράσσουν την τροφική αλυσίδα και το φυσικό περιβάλλον ενός οικοσυστήματος. Η υπεραλίευση συγκεκριμένων υδρόβιων ειδών όπως καρχαρίες ή τόνος μπορεί να επηρεάσει επιβλαβή μια τροφική αλυσίδα εξαντλώντας μεγάλα αρπακτικά ζώα που εμποδίζουν τους μικρότερους πληθυσμούς να ξεφύγουν από τον έλεγχο. Χωρίς μεγάλα αρπακτικά, πολλά είδη θα αναπαραχθούν πέρα από την ικανότητα του άμεσου περιβάλλοντος να τα υποστηρίξει, με αποτέλεσμα να μειώνονται οι πόροι και τα τρόφιμα και να απειλείται το οικοσύστημα.
Όταν εξαντληθούν οι πόροι του τρέχοντος οικοσυστήματος, ένα υπεραιθολογικό είδος μπορεί στη συνέχεια να μετακομίσει σε ένα νέο περιβάλλον όπου μπορεί να γίνει επεμβατικό και καταστροφικό. Τα είδη μπορούν επίσης να εισαχθούν σε ένα οικοσύστημα από τον άνθρωπο σε μια προσπάθεια να ελέγξουν τον πληθυσμό ενός ιθαγενή ζώου ή εντόμου, αλλά αντίθετα να έχουν διαταρακτικό αποτέλεσμα.
Οι ρύποι μπορούν να έχουν ντόμινο επίδραση σε απειλούμενο οικοσύστημα καταστρέφοντας το φυσικό περιβάλλον και σκοτώνοντας ή μεταλλάσσοντας είδη. Για παράδειγμα, ένας ρύπος που εισάγεται σε ένα υδάτινο οικοσύστημα μπορεί να σκοτώσει τα φυτά που καταναλώνουν τα μεγαλύτερα ψάρια και τα καρκινοειδή. Αυτά τα φυτοφάγα είδη αρχίζουν να πεθαίνουν και έτσι εξαντλούνται οι πηγές τροφής των σαρκοφάγων αρπακτικών του συστήματος που επίσης χάνονται σε μεγάλο αριθμό ή μεταναστεύουν σε ένα νέο οικοσύστημα αναζητώντας τροφή. Επιπλέον, οι ρύποι μπορούν να προκαλέσουν μετάλλαξη του είδους ενός οικοσυστήματος, με αποτέλεσμα από την υπογονιμότητα έως τα επιπλέον άκρα και τα ανάπηρα σωματικά ελαττώματα.
Η κατασκευή, η ανάπτυξη και άλλες ανθρώπινες δραστηριότητες, συμπεριλαμβανομένου του κυνηγιού, μπορούν να οδηγήσουν σε απειλούμενο οικοσύστημα. Η ακατάλληλη διαχείριση ή το υπερβολικό κυνήγι μπορεί να αποδυναμώσει τον πληθυσμό ενός είδους αφαιρώντας τα ζώα πιο γρήγορα από ό, τι μπορούν να αναπαραχθούν και έτσι να διακόψει την τροφική αλυσίδα. Η κατασκευή και η ανάπτυξη μπορεί να καταστρέψει το φυσικό περιβάλλον ενός οικοσυστήματος από το οποίο εξαρτώνται τα ζωντανά είδη για επιβίωση. Εκτός εάν τα είδη του οικοσυστήματος που απειλούνται με εξαφάνιση μπορούν να μεταφερθούν με επιτυχία, ενδέχεται να απειληθούν με εξαφάνιση.