Żywność modyfikowana genetycznie (GM) wzbudziła kontrowersje wśród naukowców, ekologów i działaczy ekonomicznych. Żywność GM jest wyhodowana z roślin, których geny zostały zmodyfikowane w taki sposób, aby zmienić ich chemię lub biologię pod kątem odporności na suszę, insekty, choroby i sprawić, by powstała żywność była bogata w witaminy i minerały, większa, smaczniejsza lub miała dłuższy okres przydatności do spożycia.
Biotechnologia genetycznie modyfikowanej żywności jest kontrowersyjna dla przeciwników, którzy obawiają się wpływu na zdrowie człowieka i środowisko. Na przykład zastanawiają się, co to znaczy używać genów z niejadalnych gatunków zwierząt lub roślin u jadalnych gatunków zwierząt lub roślin, nawet jeśli otrzymana żywność ma większe ilości witamin lub minerałów i wydaje się zdrowsza. Jest to podstawowa różnica między genetycznie modyfikowanymi uprawami żywności a uprawami hodowanymi selektywnie, takimi jak kukurydza lub bydło, ze względu na smak, trwałość lub łatwość utrzymania. Na przykład substancja chemiczna zawarta w niektórych rybach, która pozwala im nurkować głęboko w zimnej wodzie, teraz pomaga roślinom truskawek wytrzymać łagodne mrozy. Znaczenie lub długoterminowe skutki bioinżynierii nie zostały w pełni ocenione, chociaż jak dotąd nie wykryto żadnych zagrożeń.
Po drugie, uprawa genetycznie zmodyfikowanej żywności jest kontrowersyjna dla rolników, którzy obawiają się, że hodowcy nie mogą powstrzymać pyłku z roślin transgenicznych, które produkują żywność GM przed rozprzestrzenianiem się i nawożeniem dzikich lub nietransgenicznych odpowiedników. Przeciwnicy ci zwracają uwagę na szkody, jakie można by wyrządzić, gdyby szczepy genetycznie zmodyfikowanych gatunków przedostały się do środowiska naturalnego i zagroziły naturalnej równowadze ekosystemu roślinnego. Czy gatunki hybrydowe nie wytrzymałyby już pewnego rodzaju plagi, ponieważ zostały skonstruowane bez trucizny? Czy mogą stać się niezdolni do reprodukcji? Bioinżynierowie twierdzą, że zapylenie krzyżowe stanowi znikome ryzyko, ponieważ pyłek musi przebyć dużą odległość przez „fosy” zbudowane między uprawami zmodyfikowanymi genetycznie a innymi gatunkami, a takie wycieki nie miały miejsca.
Międzynarodowe obawy gospodarcze wywołały kontrowersyjne reakcje wśród zwolenników gospodarek krajów rozwijających się. Kiedy duża korporacja może manipulować uprawami żywności za pomocą dużego działu badawczo-rozwojowego, zapewnia fantastycznie udaną genetycznie zmodyfikowaną żywność. Niektórzy twierdzą, że daje im to nieuczciwą przewagę nad tradycyjnymi metodami uprawy rolników, co z kolei powoduje długofalową zależność od korporacji. Na przykład jedna firma zaprojektowała ryż z większą ilością witamin, większą trwałością i łatwością wzrostu. Sprzedają nasiona, które nie rozmnażają się samoczynnie, ponieważ rośliny były niepłodne, co oznacza, że rolnicy muszą kupować nasiona co sezon. Niektórzy uważają, że stwarza to niepotrzebną zależność krajów rozwijających się od kilku gigantycznych korporacji, które rok po roku dostarczają wszystkie nasiona i herbicydy, aby czerpać korzyści z genetycznie zmodyfikowanej żywności. Inni postrzegają to jako naturalne rozszerzenie międzynarodowego systemu kapitalistycznego, który wymaga ostrożnych regulacji, ale nie ma wewnętrznych problemów.