Z medycznego punktu widzenia, epifenomen jest wtórnym lub dodatkowym objawem, który pojawia się u pacjenta w trakcie choroby i który może, ale nie musi być związany z daną chorobą. Może również odnosić się do objawu wtórnego lub innego zdarzenia, które może maskować prawdziwy badany związek przyczynowo-skutkowy. Na przykład lek może wydawać się zwiększać ryzyko wystąpienia określonej choroby, ale w rzeczywistości może to być stan, który był przyczyną zażywania leku, który w rzeczywistości zwiększa ryzyko wystąpienia choroby.
W powszechnej definicji epifenomenu poza środowiskiem medycznym zwykle sugeruje się, że epifenomen jest spowodowany pierwotnym zjawiskiem — zjawiskiem obecnie badanym. Zwykle sugeruje się również, że epifenomen nie może wpływać na pierwotne zjawisko. Żadne z powyższych nie jest koniecznie prawdziwe w definicji medycznej. Epifenomeny w medycynie mogą być spowodowane przypadkowo lub bezpośrednio przez pierwotne zjawisko, chociaż mogą wydawać się z nim związane lub nie. Mogą być również całkowicie niezwiązane z danym stanem i w rzeczywistości mogą być objawami zaburzenia współistniejącego – to znaczy zaburzenia, które występuje w tym samym czasie, co obecnie badane.
Epifenomen, który pojawia się zarówno w środowisku klinicznym, jak i badawczym, może być mylący, ponieważ jego istnienie sprawia, że związki przyczynowe są niejasne. Personel medyczny i pacjenci mogą nie być pewni, czy epifenomen jest efektem ubocznym pierwotnego zjawiska, czy też zupełnie nowym stanem. Mogą nie być w stanie stwierdzić, czy objaw wtórny był spowodowany chorobą, leczeniem, które jest stosowane w chorobie, czy czymś zupełnie niezwiązanym z chorobą i jej leczeniem. Jest to szczególnie skomplikowane, gdy dla personelu medycznego lub pacjenta ma logiczne znaczenie, że objaw wtórny byłby związany ze stanem pierwotnym.
Śnienie jest przykładem epifenomenu, o którym mówiono i badano w badaniach medycznych. Nie jest jasne, czy sny są po prostu produktem ubocznym snu, czy też służą samemu jakiemukolwiek celowi. Aby dowiedzieć się więcej na temat związku między snem a snem, niektóre badania skupiają się na śnieniu u osób zdrowych w porównaniu ze snami u osób narkoleptycznych lub innych osób, które mają problemy ze snem lub ze snami. Naukowcy muszą być kreatywni w znajdowaniu sposobów na ustalenie prawdziwej przyczynowości śnienia, podobnie jak muszą być w określaniu przyczynowości każdego epifenomena.