Deficyt strukturalny to deficyt rządowy, który jest niezależny od cyklu koniunkturalnego — utrzymuje się nawet wtedy, gdy gospodarka osiąga swój pełny potencjał. Dzieje się tak, gdy rząd wydaje więcej, niż może przynieść długoterminowa średnia wpływów z podatków. Składnik budżetu, który zależy od przypływów i odpływów cyklu koniunkturalnego, nazywa się deficytem cyklicznym. Ekonomiści generalnie utrzymują, że deficyt strukturalny jest znacznie poważniejszy niż deficyt cykliczny, ponieważ oznacza niezrównoważone wydatki.
Powstaje deficyt, gdy dochody podatkowe rządu nie pokrywają w pełni jego wydatków. W okresie recesji cykliczny składnik deficytu zwykle wzrasta z kilku powodów. Po pierwsze, recesja oznacza, że dochód netto kraju spadł poniżej potencjału, więc kwota dochodu podlegającego opodatkowaniu będzie niższa od średniej. Po drugie, rządy mają tendencję do obniżania stawek podatkowych podczas recesji, aby stymulować gospodarkę. Po trzecie, wydatki na programy socjalne, takie jak opieka społeczna, Medicaid i bony żywnościowe, również mają tendencję do wzrostu podczas recesji.
Ekonomia keynesowska, wpływowa teoria ekonomiczna, opowiada się za przyjęciem cyklicznego deficytu, gdy może to przyspieszyć wyjście z recesji. Przyjmowanie wysokiego deficytu strukturalnego nie jest jednak ogólnie uważane za pożądaną strategię, ponieważ pozostaje ono nawet wtedy, gdy gospodarka jest w pełni zatrudniona. W rzeczywistym kraju nigdy nie osiąga się pełnego zatrudnienia, ale w modelu ekonomicznym może być przydatne wykazanie górnej granicy potencjału generowania dochodów przez populację.
Inwestycje są jednym z uzasadnień dla podjęcia deficytu strukturalnego. Kraje inwestują we własną przyszłość w taki sam sposób, jak robią to ludzie. Jeśli uzna się, że spłata inwestycji jest warta zaciągnięcia wymaganej kwoty długu, wówczas rządy pożyczają pieniądze i przejmują deficyt strukturalny. Typowym tego przykładem są inwestycje w infrastrukturę, takie jak drogi i koleje. Chociaż te projekty są drogie, tworzą miejsca pracy i mogą być używane przez wiele lat.
Na przykład deficyt strukturalny Stanów Zjednoczonych (USA) znacznie wzrósł w ostatnich dziesięcioleciach i jest kontrowersyjną kwestią w polityce amerykańskiej. Politycy rzadko są zgodni co do tego, czy dana inicjatywa jest warta zaciągania długoterminowego długu. Z jednej strony niektóre inwestycje mogą zwiększyć bezpieczeństwo i dobrobyt w przyszłych latach. Z drugiej strony przyszli podatnicy będą musieli liczyć się z zadłużeniem i odsetkami wynikającymi z deficytu strukturalnego. Chociaż ponoszenie tego typu deficytu może mieć sens w niektórych sytuacjach, takich jak zbliżający się kryzys bezpieczeństwa narodowego, generalnie ostrzegają przed nim ekonomiści.