Bezpieczny system operacyjny ogólnie odnosi się do jednej z dwóch rzeczy; system operacyjny, który koncentruje się w dużej mierze na bezpieczeństwie wewnętrznym i zewnętrznym lub system operacyjny, który ma zewnętrzny certyfikat bezpieczeństwa. W obu przypadkach te systemy operacyjne mają poziom bezpieczeństwa wyższy niż przeciętny system. W rezultacie bezpieczny system operacyjny jest zwykle używany w lokalizacjach, w których przechowywane są ważne dane lub jest narażony na poważne ryzyko ataku.
Kilka systemów operacyjnych koncentruje się na bezpieczeństwie jako jednym z głównych punktów kompilacji. Systemy te często mają bezpieczne funkcje i lekkie szyfrowanie wbudowane bezpośrednio w ich kod. Jest to w przeciwieństwie do normalnego systemu operacyjnego, który zwykle opiera się na programach innych firm. Ponieważ te programy nie są ładowane jako część systemu operacyjnego, zawsze jest małe okienko, w którym można je ominąć. W bezpiecznym systemie operacyjnym zabezpieczenia są nie do odróżnienia i nieusuwalne z systemu operacyjnego jako całości; dlatego o wiele trudniej jest je obejść.
Niektóre z tych bezpiecznych systemów operacyjnych są przeznaczone do konkretnego użytku i nic więcej. Na przykład programowanie wewnątrz zapory sprzętowej lub serwera uwierzytelniającego jest często odmianą popularnego systemu operacyjnego. W takich przypadkach system nadal istnieje; został po prostu zredukowany do podstawowych funkcji wymaganych przez protokoły bezpieczeństwa.
Niektóre standardowe systemy operacyjne otrzymają zgodę zewnętrznego systemu papierów wartościowych. Ten rodzaj bezpiecznego systemu operacyjnego jest generalnie bardzo podobny do wersji powszechnie używanej, często z kilkoma drobnymi zmianami. Zmiany te zwiększają bezpieczeństwo pewnych obszarów systemu, ale nie zmieniają ogólnych metod i operacji systemu.
Ogólnie rzecz biorąc, w lokalizacjach wysokiego ryzyka używany jest bezpieczny system operacyjny. System operacyjny zapewni pierwszy poziom ochrony przed włamaniami i kradzieżą danych. Nawet w systemie operacyjnym zorientowanym na bezpieczeństwo nie jest niczym niezwykłym znalezienie na komputerze innych warstw szyfrowania i zabezpieczeń. Te dodatkowe programy innych firm rozwiążą wszelkie niedociągnięcia we wbudowanych programach i dodatkowo ochronią system.
Nawet przy bezpiecznym systemie operacyjnym działania użytkownika odgrywają ogromną rolę w ogólnym bezpieczeństwie. Dla przeciętnego użytkownika bezpieczeństwo często ustępuje użyteczności. W rezultacie wielu użytkowników wyłączy niektóre systemy bezpieczeństwa, gdy staną na drodze do korzystania z komputera. W wielu bezpiecznych systemach istnieją zabezpieczenia, które zapobiegają ingerencji użytkownika lub automatycznie włączają zabezpieczenia. Pomoże to utrzymać podstawowy poziom bezpieczeństwa, nawet gdy określone operacje zostaną zakłócone.