Στην καθαρή της μορφή, δεν υπάρχει γλουτένη στην κινόα. Μπορεί, ωστόσο, να υπάρχει γλουτένη στα προϊόντα κινόα. Τα άτομα με και χωρίς ευαισθησία στη γλουτένη μπορεί να έχουν αρνητικές αντιδράσεις στον σπόρο, που μπορεί να εξαρτηθεί ή όχι από τον τρόπο παρασκευής του. Ωστόσο, για πολλούς ανθρώπους, η αντικατάσταση των παραδοσιακών τροφών που περιέχουν γλουτένη με κινόα είναι μια καλή εναλλακτική λύση, ειδικά εάν αυτή η αντικατάσταση γίνεται με διαχειρίσιμο ρυθμό.
Εν μέρει επειδή δεν υπάρχει γλουτένη στην κινόα, έχει χρησιμοποιηθεί σε μια σειρά από τρόφιμα για άτομα με αλλεργίες ή ευαισθησίες στη γλουτένη. Οι καταναλωτές πρέπει να επιδεικνύουν κάποια προσοχή όταν αγοράζουν αυτά τα προϊόντα, καθώς υπάρχουν πλέον πολλά τρόφιμα στην αγορά που περιέχουν τους σπόρους, αλλά δεν είναι χωρίς γλουτένη. Οι άνθρωποι θα πρέπει να επιθεωρούν τη συσκευασία για να προσδιορίσουν εάν ένα προϊόν έχει επισημανθεί ότι δεν περιέχει γλουτένη. Όσοι έχουν ακραίες αλλεργίες θα πρέπει επίσης να διαβάσουν για την κατασκευή προϊόντων για να είναι σίγουροι ότι οι εταιρείες δεν χρησιμοποιούν εξοπλισμό που έρχεται σε επαφή με γλουτένη.
Ακόμη και μετά από ενδελεχή έλεγχο για να βεβαιωθείτε ότι δεν έχει μολυνθεί με γλουτένη, μερικοί άνθρωποι μπορεί να αντιδρούν πολύ στην κινόα. Οι αναφορές ανεπιθύμητων ενεργειών περιλαμβάνουν εξάνθημα, ακραίες στομαχικές διαταραχές και αισθήματα λιποθυμίας. Η στομαχική διαταραχή μπορεί να εμφανιστεί περιστασιακά εάν οι άνθρωποι δεν προετοιμάσουν σωστά τους σπόρους. Καλύπτεται με μια πικρή επικάλυψη που πρέπει να ξεπλυθεί καλά πριν το μαγείρεμα. Εάν παραμείνει πολύ από αυτήν την επίστρωση, οι άνθρωποι μπορεί να εμφανίσουν στομαχικές διαταραχές, παρόλο που δεν υπάρχει γλουτένη στην κινόα.
Πολλοί άνθρωποι γνωρίζουν ήδη αυτές τις πιθανές παγίδες και αγοράζουν προπλυμένες τροφές κινόα ή χωρίς γλουτένη μαζί της. Μερικοί ακόμα μπορεί να διαπιστώσουν ότι αντιδρούν αρνητικά στην κινόα. Δεν προκαλεί έκπληξη, κατά κάποιο τρόπο, επειδή τα περισσότερα τρόφιμα προκαλούν δυσάρεστες παρενέργειες σε μερικούς ανθρώπους. Δεδομένου ότι ο σπόρος είναι μια πρόσφατη εισαγωγή σε πολλές δυτικές δίαιτες, είναι πολύ νωρίς για να πούμε πόσο συχνά θα συμβούν αυτές οι αντιδράσεις και ποιο ποσοστό του πληθυσμού μπορεί να επηρεαστεί. Οι ανεπιθύμητες ενέργειες σίγουρα δεν περιορίζονται σε άτομα με δυσανεξία στη γλουτένη και έχουν εμφανιστεί σε αρκετά άτομα που δεν αναφέρουν προηγούμενη τροφική αλλεργία.
Καθώς δεν υπάρχει γλουτένη στην κινόα, δεδομένης της εξαιρετικά ινώδους φύσης της, είναι δυνατή μια άλλη εξήγηση για τις στομαχικές διαταραχές μετά το φαγητό. Εάν οι άνθρωποι ξαφνικά αλλάξουν από πιο κολλώδη δημητριακά σε κινόα, μπορεί να καταναλώνουν περισσότερες φυτικές ίνες από το συνηθισμένο. Αυτό μπορεί μερικές φορές να κάνει το πεπτικό σύστημα να λειτουργεί πολύ γρήγορα.
Οι γρήγορες αλλαγές στη διατροφή μπορεί να οδηγήσουν σε φούσκωμα, αέρια και διάρροια, τα οποία μπορεί να παρερμηνευθούν ως ευαισθησία στη γλουτένη ή αλλεργία. Για να αποφευχθεί αυτή η αντίδραση, οι άνθρωποι θα πρέπει να ξεκινήσουν την πρόσληψη διαιτητικών ινών αργά, αυξάνοντας σταδιακά τις ινώδεις τροφές καθώς το σώμα τους αναπτύσσει περισσότερη ανοχή. Ο μέσος τρώγων χαμηλής περιεκτικότητας σε φυτικές ίνες που δεν μπορεί να αντισταθεί στην κατανάλωση μιας στοίβας μάφιν με κινόα μπορεί να μετανιώσει εκ των υστέρων για αυτήν την επιλογή.