Τα επίπεδα ομοκυστεΐνης στο σώμα μπορεί να επηρεαστούν από πολλούς διαφορετικούς παράγοντες, οι οποίοι μπορεί να είναι πολύ σημαντικοί, καθώς τα αυξημένα επίπεδα είναι γνωστό ότι σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο θρόμβων αίματος, καρδιακών προσβολών και εγκεφαλικών επεισοδίων. Ορισμένες γενετικές διαταραχές μπορεί να προκαλέσουν προβλήματα με τη διάσπαση της ομοκυστεΐνης, προκαλώντας αύξηση των επιπέδων. Τα άτομα που δεν λαμβάνουν αρκετές βιταμίνες του συμπλέγματος Β μπορεί επίσης να έχουν αυξημένα επίπεδα. Αρκετές ιατρικές παθήσεις, συμπεριλαμβανομένων των παθήσεων του θυρεοειδούς και των νεφρών, μπορούν να επηρεάσουν την ποσότητα του αμινοξέος που έχει κάποιος, όπως και ορισμένοι τύποι φαρμάκων. Στις γυναίκες, η ηλικία είναι συχνά ένας παράγοντας, κυρίως επειδή η αλλαγή των επιπέδων των ορμονών μπορεί να προκαλέσει αλλαγές στα επίπεδα ομοκυστεΐνης.
Τα άτομα με γενετικές διαταραχές που προκαλούν δυσλειτουργία ή έλλειψη των μεσολαβητών μορίων, τα οποία βοηθούν στη διάσπαση της ομοκυστεΐνης, έχουν γενικά αυξημένα επίπεδα. Η ομοκυστινουρία, μια σοβαρή κατάσταση που συνήθως διαγιγνώσκεται στην παιδική ηλικία, όπου τα μόρια μεσολαβητές δεν υπάρχουν, προκαλεί μυριάδες προβλήματα που σχετίζονται με τα εξαιρετικά υψηλά επίπεδα ομοκυστεΐνης στο αίμα. Μια πιο ήπια κατάσταση είναι η υπερομοκυστεϊναιμία, όπου τα μόρια μεσολαβητές βρίσκονται εκεί αλλά δεν λειτουργούν στα βέλτιστα επίπεδα.
Οι βιταμίνες Β παίζουν επίσης σημαντικό ρόλο στα επίπεδα ομοκυστεΐνης ενός ατόμου. Το φολικό οξύ, η βιταμίνη Β6 και η βιταμίνη Β12 είναι όλα κρίσιμα για τη διάσπαση της ομοκυστεΐνης και η έλλειψή τους προκαλεί αύξηση των επιπέδων. Όσοι δεν λαμβάνουν αρκετές από αυτές τις βιταμίνες στη διατροφή τους μπορεί να χρειαστεί να πάρουν ένα συμπλήρωμα ή να τρώνε περισσότερες τροφές που τις περιέχουν για να επανέλθουν τα επίπεδα ομοκυστεΐνης στο φυσιολογικό.
Ορισμένα ιατρικά προβλήματα μπορεί να οδηγήσουν σε αυξημένα επίπεδα ομοκυστεΐνης. Η μειωμένη παραγωγή θυρεοειδικών ορμονών μπορεί να προκαλέσει το πρόβλημα, όπως και η νεφρική νόσο. Η δερματική διαταραχή της ψωρίασης μπορεί επίσης να ευθύνεται.
Τα φάρμακα μπορούν επίσης να προκαλέσουν διακυμάνσεις στα επίπεδα ομοκυστεΐνης στο σώμα ενός ατόμου. Η λήψη αντισυλληπτικών χαπιών μπορεί να βοηθήσει στη μείωση των επιπέδων, καθώς αυξάνουν τα επίπεδα οιστρογόνων, τα οποία φαίνεται να επηρεάζουν την ομοκυστεΐνη. Οι ασθενείς που λαμβάνουν φάρμακα για την επιληψία μπορεί να έχουν μεγαλύτερες ποσότητες ομοκυστεΐνης. Ένα άλλο φάρμακο που μπορεί να προκαλέσει αύξηση των επιπέδων είναι η μεθοτρεξάτη.
Οι γυναίκες μπορεί να βιώσουν μια αλλαγή στα επίπεδα της ομοκυστεΐνης κατά τη διάρκεια της ζωής τους λόγω αλλαγών στα επίπεδα των οιστρογόνων. Οι έγκυες γυναίκες συχνά διαπιστώνουν ότι τα επίπεδά τους πέφτουν, καθώς έχουν περισσότερα οιστρογόνα από το συνηθισμένο. Οι ηλικιωμένες γυναίκες που έχουν περάσει την εμμηνόπαυση, όταν τα επίπεδα των οιστρογόνων μειώνονται φυσικά, βλέπουν συνήθως την ομοκυστεΐνη τους να αυξάνεται. Η λήψη συμπληρωμάτων οιστρογόνων μπορεί να βοηθήσει στη μείωση τους.