Τα κύρια σημάδια των χλαμυδίων στους άνδρες είναι διαφορετικά από αυτά που παρατηρούνται στις γυναίκες. Τα κύρια συμπτώματα περιλαμβάνουν μια λευκή ή πιθανώς πράσινου χρώματος έκκριση που προέρχεται από το πέος, ερεθισμό κατά την ούρηση και μερικές φορές γενικό ερεθισμό γύρω από το άνοιγμα του πέους. Μερικοί άνδρες διαπιστώνουν επίσης ότι πρέπει να ουρούν πιο συχνά από το συνηθισμένο ενώ πάσχουν από χλαμύδια. Στις περισσότερες περιπτώσεις, τα άτομα που αντιμετωπίζουν χλαμύδια δεν έχουν καθόλου συμπτώματα και μπορεί να τα μεταδώσουν σε άλλους χωρίς να το καταλάβουν ποτέ.
Όσον αφορά την ταξινόμηση, τα χλαμύδια θεωρούνται βακτηριακή λοίμωξη. Υπό αυτή την έννοια, μοιάζει πολύ με τη γονόρροια, μια άλλη σεξουαλικά μεταδιδόμενη ασθένεια. Αν και τα δύο προκαλούνται από διαφορετικά είδη βακτηρίων, τα σημάδια των χλαμυδίων σε άνδρες και γυναίκες γενικά θεωρούνται αρκετά παρόμοια με τα σημάδια της γονόρροιας. Το Chlamydia trachomatis είναι το πραγματικό όνομα του συγκεκριμένου στελέχους που προκαλεί τη σεξουαλική ασθένεια και υπάρχουν και άλλα στελέχη που μπορούν να προκαλέσουν ασθένειες στα ζώα ή ακόμη και να προκαλέσουν ένα είδος πνευμονίας.
Όπως πολλές βακτηριακές ασθένειες, τα χλαμύδια γενικά αντιμετωπίζονται με τη χρήση αντιβιοτικών. Στις περισσότερες περιπτώσεις, ένας μόνο γύρος αντιβιοτικών είναι αρκετός για την εξάλειψη της λοίμωξης. Μόλις εμφανιστούν σημάδια χλαμυδίων σε άνδρες ή γυναίκες, η θεραπεία θα πρέπει γενικά να ξεκινήσει αμέσως, προκειμένου να βοηθηθεί το άτομο να αποφύγει τη μετάδοσή του σε άλλους. Σε σπάνιες περιπτώσεις μπορεί να χρειαστούν πολλαπλοί γύροι αντιβιοτικών.
Υπάρχουν ορισμένες σοβαρές επιπλοκές που μπορεί να αναπτυχθούν εάν αγνοηθούν τα σημάδια χλαμυδίων στους άνδρες. Πολλοί άνδρες αναπτύσσουν προβλήματα με τους όρχεις και τις ουρήθρες τους. Μερικοί από αυτούς μπορεί να έχουν πρόβλημα με χρόνια φλεγμονή σε αυτές τις περιοχές, η οποία μπορεί ακόμη και να οδηγήσει σε στειρότητα ή μόνιμα προβλήματα με την ούρηση. Ένα άλλο σοβαρό πιθανό πρόβλημα είναι η πιθανότητα για τους άνδρες να αναπτύξουν μια κατάσταση που ονομάζεται αντιδραστική αρθρίτιδα. Αυτή είναι μια προσωρινή κατάσταση φλεγμονής που μπορεί να ξεσπάσει μετά από λοίμωξη από χλαμύδια και μερικές φορές μπορεί ακόμη και να παραμείνει ή να εμφανιστεί επανειλημμένα.
Τα χλαμύδια μεταδίδονται γενικά κατά τη διάρκεια σχεδόν κάθε είδους σεξουαλικής επαφής και οι ειδικοί προτείνουν ότι τα προφυλακτικά είναι ο καλύτερος τρόπος για να αποφευχθεί η σύλληψη της νόσου. Επίσης, γενικά συνιστάται ότι μόλις εμφανιστούν σημάδια χλαμυδίων σε άνδρες ή γυναίκες, οι άνθρωποι θα πρέπει συνήθως να απέχουν από κάθε είδους σεξουαλική επαφή μέχρι να ολοκληρωθεί η θεραπεία. Αυτό οφείλεται εν μέρει στο ότι δεν υπάρχει πραγματικά καμία μέθοδος προστασίας που να είναι γενικά 100 τοις εκατό αποτελεσματική και η επαναμόλυνση με χλαμύδια είναι συχνά πολύ συχνή, επομένως οι γιατροί δεν θέλουν οι ασθενείς να θέτουν σε κίνδυνο την πρόοδό τους.