Τα αίτια του νανισμού είναι αρκετά ποικίλα, αν και τα περισσότερα είναι γενετικά. Ο νανισμός δεν είναι απαραίτητα κληρονομικός, συχνά προέρχεται από αυθόρμητες μεταλλάξεις, και μπορεί επίσης να αποκτηθεί σε ορισμένες περιπτώσεις. Εάν κάποιος πάσχει από νανισμό, μπορεί να προταθεί εξέταση για να μάθει γιατί, με στόχο τον εντοπισμό των επιπλοκών που μπορεί να κινδυνεύει να αναπτύξει το άτομο. Αυτό θα επιτρέψει στους ανθρώπους να λαμβάνουν ιατρική περίθαλψη κατάλληλη για τις ανάγκες τους.
Τις περισσότερες φορές, ο νανισμός προκαλείται από μια γενετική διαταραχή. Οι άνθρωποι μπορεί να έχουν μεταλλάξεις στα γονίδια που είναι υπεύθυνα για τη σκελετική ανάπτυξη ή τη ρύθμιση των ορμονών, που οδηγούν στην ανάπτυξη μικρού αναστήματος. Άλλες αιτίες του νανισμού μπορεί να περιλαμβάνουν νεφρική νόσο και ορμονικές ανισορροπίες, ιδιαίτερα εκείνες που αφορούν ορμόνες του θυρεοειδούς και της υπόφυσης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο νανισμός μπορεί να είναι επίκτητος ή το αποτέλεσμα ενός υποκείμενου γενετικού προβλήματος. Σε όλες τις περιπτώσεις, ένα παιδί με νανισμό θα αποτύχει να φτάσει στα ορόσημα της φυσικής ανάπτυξης όπως αναμενόταν, αν και το παιδί συνήθως βιώνει φυσιολογική γνωστική ανάπτυξη.
Οι μεταβολικές διαταραχές μπορούν επίσης να οδηγήσουν σε νανισμό. Εάν οι άνθρωποι δεν μπορούν να απορροφήσουν θρεπτικά συστατικά, αυτό οδηγεί σε νανισμό ως αποτέλεσμα του υποσιτισμού. Τα άτομα με παθήσεις όπως η κοιλιοκάκη μπορεί να αναπτύξουν μικρό ανάστημα. Οι διαταραχές αποθήκευσης είναι μια άλλη από τις αιτίες του νανισμού, καθώς το σώμα βασίζεται στην αποθήκευση ενέργειας και θρεπτικών συστατικών για φυσικές εξελίξεις. Τα άτομα που βιώνουν ακραία στέρηση και υποσιτισμό θα αναπτύξουν επίσης νανισμό, καθώς το σώμα τους δεν λαμβάνει διατροφική υποστήριξη κατά τα κρίσιμα χρόνια ανάπτυξης.
Γενετική εξέταση, εξέταση αίματος και άλλες ιατρικές εξετάσεις μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να μάθετε περισσότερα σχετικά με το γιατί ένα παιδί δεν αναπτύσσεται όπως αναμένεται. Σε μια οικογένεια με ιστορικό νανισμού, μπορεί να υπάρχει αυξημένος κίνδυνος τα παιδιά να κληρονομήσουν γονίδια που είναι γνωστό ότι προκαλούν νανισμό και αυτό μπορεί να είναι ανησυχητικό κατά την ιατρική αξιολόγηση ενός παιδιού που δεν αναπτύσσεται όπως αναμένεται. Σε άλλες περιπτώσεις, μπορεί να μην υπάρχει οικογενειακό ιστορικό ή προφανής εξήγηση και μερικές φορές απαιτείται εκτενής εξέταση για την κατανόηση των αιτιών του νανισμού.
Ορισμένες αιτίες του νανισμού είναι θεραπεύσιμες και ενώ οι αναπτυξιακές καθυστερήσεις δεν μπορούν να αντιστραφούν, η θεραπεία θα μειώσει τον κίνδυνο μελλοντικών επιπλοκών όπως οι καρκίνοι και η ανεπάρκεια των οργάνων του σώματος. Σε άλλες περιπτώσεις, δεν υπάρχουν διαθέσιμες θεραπείες για την αιτία και η εστίαση για τη φροντίδα του ασθενούς είναι στην παροχή στον ασθενή υποβοηθητικής τεχνολογίας και άλλων εργαλείων για την πλοήγηση σε έναν κόσμο σχεδιασμένο για πολύ μεγαλύτερους ανθρώπους. Οι γονείς με νανισμό μπορούν να συζητήσουν την πάθησή τους με έναν γενετικό σύμβουλο εάν ανησυχούν για τη μετάδοση της πάθησης στα παιδιά τους.