Αν και είναι σχετικά σπάνιο, μερικοί άνθρωποι είναι αλλεργικοί στις ντομάτες και μπορεί να εμφανίσουν μια σειρά από δυσάρεστα συμπτώματα όταν τις τρώνε, ιδιαίτερα αν είναι ωμές. Τα συμπτώματα συνήθως εμφανίζονται αρχικά μέσα και γύρω από το στόμα, με τα χείλη, τη γλώσσα και τον λαιμό αρχικά να προκαλούν φαγούρα και στη συνέχεια συχνά πρήξιμο. Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να εμφανίσουν κνίδωση ή κνησμώδες εξάνθημα σε άλλες περιοχές του δέρματος. Τα γαστρεντερικά συμπτώματα είναι επίσης κοινά, όπως ναυτία, έμετος και διάρροια. Μια πιο σοβαρή, συστηματική αντίδραση μπορεί να προκαλέσει δυσκολία στην αναπνοή, λιποθυμία, ακόμη και αναφυλακτικό σοκ ή θάνατο.
Το πρώτο μέρος που εμφανίζονται συχνά τα συμπτώματα μιας αλλεργίας στη ντομάτα είναι η περιοχή που εκτέθηκε για πρώτη φορά: το στόμα. Συχνά το αλλεργικό άτομο θα αρχίσει να αισθάνεται φαγούρα πάνω και γύρω από τα χείλη του, στη γλώσσα, ακόμη και στο λαιμό λίγο μετά το φαγητό. Αυτό συχνά ακολουθείται από οίδημα στις ίδιες περιοχές. Το πρήξιμο στο λαιμό μπορεί να είναι ιδιαίτερα προβληματικό, καθώς μπορεί να δυσκολέψει την αναπνοή.
Μια αλλεργία στην ντομάτα μπορεί επίσης να προκαλέσει αντίδραση στο δέρμα σε άλλα σημεία του σώματος. Μερικοί άνθρωποι αναπτύσσουν κνίδωση που μπορεί να εμφανιστεί σε μέρος ή σε όλο το δέρμα τους. Μπορεί επίσης να εμφανίσουν εξάνθημα, το οποίο μπορεί να είναι επίμονο εάν δεν βγάλουν τις ντομάτες από τη διατροφή τους.
Κατά τη διάρκεια μιας επίθεσης αλλεργίας, το σώμα μπορεί να προσπαθήσει να απαλλαγεί από το αλλεργιογόνο με μια γαστρεντερική αντίδραση. Το αλλεργικό άτομο μπορεί να αισθανθεί ναυτία και να αρχίσει να κάνει εμετό για να βγάλει την ντομάτα. Μπορεί επίσης να έχει διάρροια ως μέρος της αντίδρασης του σώματος.
Σε ορισμένες περιπτώσεις, μια αλλεργία στις ντομάτες μπορεί να είναι σοβαρή και να οδηγήσει σε σοβαρά συμπτώματα. Είναι επίσης αρκετά συνηθισμένο η αλλεργική αντίδραση να ξεκινά αρκετά ήπια και να επιδεινώνεται προοδευτικά με κάθε επόμενο επεισόδιο. Όσοι έχουν σοβαρή αλλεργία στη ντομάτα μπορεί να συριγμό και να δυσκολεύονται να αναπνεύσουν. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε απώλεια της αρτηριακής πίεσης, η οποία μπορεί να προκαλέσει ζάλη και λιποθυμία στο άτομο. Εάν δεν λάβει ιατρική φροντίδα γρήγορα, η αντίδραση μπορεί τελικά να οδηγήσει σε αναφυλακτικό σοκ, καρδιακή ή αναπνευστική ανεπάρκεια, ακόμη και θάνατο.
Τα άτομα με αλλεργίες στην ντομάτα μπορεί επίσης να θέλουν να είναι προσεκτικά όταν καταπίνουν φυτά από την ίδια οικογένεια. Δύο στενά συνδεδεμένα τρόφιμα που προκαλούν συνήθως συμπτώματα σε άτομα με αλλεργία στην ντομάτα είναι οι πατάτες και η μελιτζάνα. Ο καπνός σχετίζεται επίσης στενά με την ντομάτα, επομένως το κάπνισμα μπορεί επίσης μερικές φορές να οδηγήσει σε αλλεργική αντίδραση.