Οι πιο συχνά αναφερόμενες παρενέργειες της ασταξανθίνης είναι αβλαβείς αλλαγές χρωστικής, όπως μια ελαφρώς πορτοκαλί απόχρωση στο δέρμα ή στα κόπρανα. Ακόμη και σε υψηλές δόσεις, δεν έχουν παρατηρηθεί τοξικές επιδράσεις, είτε σε ζώα είτε σε ανθρώπους. Άλλες, λιγότερο συχνές παρενέργειες ασταξανθίνης έχουν μεγαλύτερο αντίκτυπο και παρενέργειες όπως η χαμηλή αρτηριακή πίεση και οι αλλαγές στα επίπεδα ορμονών μπορεί να έχουν σοβαρές επιπτώσεις στην υγεία.
Η ασταξανθίνη χρησιμοποιείται πιο συχνά ως πρόσθετο στις ζωοτροφές και προσθέτει χρωστική ουσία σε καβούρια, γαρίδες, αστακούς και σολομό, δίνοντάς τους το γνωστό κοκκινωπό πορτοκαλί τους χρώμα. Ως συμπλήρωμα ζωοτροφών, η ασταξανθίνη αναγνωρίζεται γενικά ως ασφαλής, σύμφωνα με τον Κώδικα Ομοσπονδιακών Κανονισμών των Ηνωμένων Πολιτειών, και οι περισσότεροι άνθρωποι μπορούν να καταναλώνουν θαλασσινά που τρέφονται με ασταξανθίνη χωρίς καμία απολύτως αντίδραση. Το 1999, ο Οργανισμός Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ ενέκρινε την ασταξανθίνη ως συστατικό τροφής για ανθρώπινη κατανάλωση.
Ως συμπλήρωμα διατροφής, η ασταξανθίνη χρησιμοποιείται συχνότερα ως αντιοξειδωτικό για τη μείωση της χοληστερόλης. Οι υποστηρικτές συνιστούν επίσης την ασταξανθίνη για τη βελτίωση της υγείας των ματιών και τη θεραπεία του συνδρόμου του καρπιαίου σωλήνα, της αρθρίτιδας, του μυϊκού τραυματισμού, των γαστρεντερικών ενοχλήσεων και της ανδρικής υπογονιμότητας. Θα πρέπει να σημειωθεί, ωστόσο, ότι δεν υπάρχουν επαρκή στοιχεία που να υποστηρίζουν οποιονδήποτε από αυτούς τους ισχυρισμούς και δεν υπάρχει κανένα αποδεδειγμένο όφελος για την υγεία από αυτό το συμπλήρωμα.
Οι συχνές παρενέργειες της ασταξανθίνης περιλαμβάνουν αυξημένη μελάγχρωση, τριχοφυΐα, αλλαγές στα επίπεδα ορμονών και χαμηλή αρτηριακή πίεση. Μειωμένα επίπεδα ασβεστίου, μειωμένη λίμπιντο και διεύρυνση του μαστού στους άνδρες έχουν επίσης παρατηρηθεί, αλλά αυτές οι παρενέργειες της ασταξανθίνης είναι πιο σπάνιες. Αλλεργικές αντιδράσεις είναι επίσης πιθανές και μπορεί να είναι αρκετά επικίνδυνες. Τα τρόφιμα που τρέφονται με ασταξανθίνη και ασταξανθίνη θα πρέπει να αποφεύγονται από οποιονδήποτε έχει γνωστή αλλεργία στην ουσία.
Οι αλληλεπιδράσεις με τα φάρμακα είναι μια άλλη σοβαρή ανησυχία. Για παράδειγμα, το φάρμακο για την αρτηριακή πίεση μπορεί να ενισχυθεί από την ασταξανθίνη και μπορεί να προκαλέσει πτώση της αρτηριακής πίεσης σε επικίνδυνα χαμηλά επίπεδα. Οι ορμονικές θεραπείες και ο έλεγχος των γεννήσεων μπορεί να επηρεαστούν από τις επιδράσεις του συμπληρώματος στα επίπεδα ορμονών. Παρόμοιες διασταυρούμενες αντιδράσεις έχουν παρατηρηθεί με ορισμένα αντιισταμινικά και τα φάρμακα για το άσθμα μπορεί να μην αντιδρούν καλά στην ασταξανθίνη. Τα ηπατικά ένζυμα, τα οποία είναι υπεύθυνα για την απομάκρυνση μιας ποικιλίας φαρμάκων από το αίμα, μπορούν επίσης να επηρεαστούν, με αποτέλεσμα αυξημένα επίπεδα αυτών των φαρμάκων να παραμένουν στην κυκλοφορία.
Αντιδράσεις είναι επίσης πιθανές με άλλα συμπληρώματα και φυτικά φάρμακα. Το Saw palmetto, το black cohosh ή άλλα φάρμακα που επηρεάζουν τις ορμόνες μπορεί να αντιδράσουν απρόβλεπτα. Οι παρενέργειες της ασταξανθίνης όπως η χαμηλή αρτηριακή πίεση και τα μειωμένα επίπεδα ασβεστίου μπορούν να ενισχυθούν από ουσίες με παρόμοια αποτελέσματα. Η χρήση άλλων καροτενοειδών αντιοξειδωτικών, όπως η βήτα καροτίνη και το λυκοπένιο, με ασταξανθίνη θα μειώσει την απορρόφηση και δεν συνιστάται.