Pierwotna infekcja ma dwa znaczenia i może odnosić się albo do pierwszych oznak, że osoba/żywa istota została zarażona, albo do hierarchii infekcji rozpoczynających się od pojedynczej choroby. W drugiej definicji osoba z wirusem takim jak przeziębienie może dostać infekcji bakteryjnej w klatce piersiowej, takiej jak zapalenie oskrzeli. Można je nazwać pierwotnymi i wtórnymi infekcjami wynikającymi z pierwotnego przeziębienia. Z drugiej strony infekcja pierwotna będąca wynikiem pierwszego kontaktu ze źródłem wirusowym lub bakteryjnym może oznaczać pierwsze zauważone oznaki tej infekcji. Są one często identyfikowane jako specyficzne objawy.
Pierwsze objawy choroby lub pierwotnej infekcji są często identyfikowane w chorobach, które nadal żyją w ciele i stają się przewlekłe. Jedną z tych chorób jest opryszczka narządów płciowych. Rany rozwijające się na genitaliach lub okolicach zwykle oznaczają pierwszą infekcję po ekspozycji i mogą trwać kilka tygodni. Mogą również występować inne objawy, takie jak ból głowy, obolałość, uczucie grypy, gorączka lub obrzęk węzłów chłonnych, które mogą występować rzadziej w kolejnych objawach choroby.
Kiedy ludzie ponownie dostają pęcherzy opryszczkowych, stan nazywa się nawracającym, a nie pierwotną infekcją. Pierwsza reakcja na zarażenie wirusowe jest pierwotna, a wszystkie inne przejawy choroby mają charakter nawracający, co wskazuje na jej przewlekły charakter. Inne choroby, które mają pierwotną infekcję, obejmują stany takie jak HIV / AIDS, inne wirusy opryszczki, takie jak ospa wietrzna i niektóre formy zapalenia wątroby. Należy zauważyć przy wszystkich tych, że objawy wynikające z początkowej ekspozycji mogą być nieco inne niż sposób, w jaki choroba objawia się później; są pierwszą odpowiedzią immunologiczną na ekspozycję na czynnik zakaźny.
Istnieje wiele przypadków, w których pierwotne i wtórne są używane do opisania choroby, która powoduje wiele infekcji. Infekcje te mają często charakter wirusowy/bakteryjny. Wiele osób dostaje wirusy, które osłabiają układ odpornościowy i mogą powodować wtórne infekcje bakteryjne. Pierwotną infekcją jest zatem pierwotny wirus, ale jego zdolność do predysponowania ludzi do infekcji bakteryjnych może oznaczać, że lekarze będą w pogotowiu.
W przypadku wirusa takiego jak opryszczka narządów płciowych słaba pielęgnacja owrzodzeń może czasami prowadzić do infekcji skóry lub zapalenia tkanki łącznej. Podczas gdy lekarz nie leczyłby infekcji opryszczki antybiotykami, ponieważ ma ona pochodzenie wirusowe, może użyć antybiotyków, jeśli zarażą się pęcherze opryszczkowe, aby zabić wtórną infekcję. Antybiotyki nie miałyby żadnego wpływu na pierwotną infekcję, ale mogłyby zająć się wtórną.
Wiele wirusów grypy ma skłonność do wywoływania wtórnych infekcji, takich jak zapalenie oskrzeli, zapalenie płuc lub infekcje zatok i uszu. Ponownie, antybiotyki mogą być stosowane w celu rozwiązania tych problemów. Jednak nie pozbyliby się grypy, która jest wirusowa. Osoby bardziej podatne na wtórne infekcje tego typu mogą mieć osłabiony układ odpornościowy, a u osób wrażliwych medycznie obserwowanie infekcji wtórnych jest bardzo ważne w przypadku niektórych chorób