Infekcja utajona to sytuacja, w której wirus jest obecny w organizmie, ale pozostaje uśpiony, nie powodując żadnych jawnych objawów. Pacjent jest nadal zarażony wirusem i może przekazać wirusa innym osobom, które są narażone na uśpiony wirus. Utajone infekcje mogą również zostać aktywowane, powodując ponowne pojawienie się objawów i choroby. Klasycznym przykładem infekcji utajonej jest opryszczka pospolita, która okresowo zaognia się, powodując opryszczkę, zanim ponownie przejdzie w stan uśpienia.
Ludzie czasami mylą utajone infekcje z latencją. Latencja lub latencja kliniczna to jedna z rzeczy, które występują podczas okresu inkubacji infekcji, w której czynnik sprawczy jest obecny w organizmie i namnaża się, ale nie powoduje objawów. Wirus zaangażowany w latencję kliniczną nie jest uśpiony, jak w przypadku tych infekcji, ale jest w pełni aktywny i powoduje problemy dla organizmu gospodarza. W końcu wirus wyjdzie z okresu utajenia i zacznie powodować wykrywalne objawy, ostrzegając gospodarza o wystąpieniu infekcji.
Niektóre infekcje nigdy nie mogą zostać całkowicie wypłukane z organizmu, stając się utajone dzięki zastosowaniu leków i innych środków kontroli wirusa i zahamowania replikacji. W takich przypadkach infekcja może okresowo nasilać się w odpowiedzi na sygnały środowiskowe. Infekcje utajone mogą być również spowodowane, gdy wirus mutuje, stając się niemożliwym do zwalczenia lub gdy cykl leczenia nie jest ukończony, co pozwala wirusowi pozostać uśpionym w organizmie.
Szereg wirusów charakteryzuje się tym, że powoduje utajoną infekcję, pozwalając wirusowi cyklicznie odpływać i odpływać w organizmie wraz ze zmianą środowiska. Z punktu widzenia wirusa zdolność do przejścia w stan uśpienia jest krytyczna, ponieważ pozwala wirusowi zatrzymać nosiciela podczas przechodzenia w stan uśpienia, gdy warunki są wrogie lub nieprzyjemne dla wirusa. Te infekcje mogą być również bardzo trudne do wykrycia lub opanowania.
Oprócz powodowania problemów u gospodarza poprzez okresowe zaostrzenia i wywoływanie szeregu objawów, infekcje te mogą stać się bardziej złowrogie. Kilka wirusów zostało połączonych z niekontrolowanym podziałem komórkowym, który jest prawdopodobnie spowodowany mieszaniem wirusowego i komórkowego DNA, co prowadzi do skrzyżowania przewodów i gwałtownego podziału komórki. Infekcje utajone mogą również stać się poważnym problemem, gdy pacjent ma obniżoną odporność, ponieważ infekcja może objawiać się, gdy układ odpornościowy pacjenta przechodzi w punkt krytyczny.