Malaria endemiczna to malaria, która pozostaje naturalnie i stale obecna w regionie, ponieważ istnieje wiele wektorów choroby, co zapewnia, że będzie nadal przenosić się przez społeczeństwo. Kraje, w których malaria jest endemiczna, znajdują się głównie w tropikach i są to zazwyczaj kraje rozwijające się z ograniczoną infrastrukturą zdrowia publicznego do walki z chorobą. Walka z malarią na całym świecie obejmuje koncentrację na endemicznej malarii w celu wyeliminowania jej z tych regionów w celu wyeliminowania naturalnych rezerwuarów choroby.
Malaria staje się endemiczna w kilku regionach. Pasożyt ten wymaga komarów określonych gatunków w ramach swojego cyklu życiowego, a zatem nie może stać się endemiczny w regionach, w których gatunki te nie są wspierane. Tropiki są bardzo gościnne dla komarów ze względu na ciepło i obfite zapasy stojącej wody. W regionach, w których kontrola komarów jest ograniczona, może być trudne zapobieganie gryzieniu ludzi przez zarażone owady i przenoszeniu infekcji.
Jeśli ludzka populacja stosuje profilaktykę malarii, te ukąszenia nie stanowią problemu, ponieważ pasożyty nie mogą przetrwać w ich ciałach. Niekonsekwentne lub nieistniejące stosowanie profilaktyki stwarza jednak możliwość pojawienia się infekcji malarią, a zarażeni pacjenci będą kontynuować cykl życiowy pasożyta, a komary żywią się nimi i pobierają zakażoną krew, utrwalając w ten sposób chorobę. Ludzie również podróżują, zabierając ze sobą pasożyta i tworząc nieskończoną ilość nowych wektorów.
Wysiłki mające na celu zwalczanie endemicznej malarii obejmują próby ograniczenia populacji komarów i kontaktu między owadami a ludźmi, takie jak stosowanie pestycydów, przesiewanie domów i łóżek, aby zapobiec przedostawaniu się owadów do środka, oraz dawkowanie ludziom związków, o których wiadomo, że powodują bezpłodność u komarów, zapobiegając w ten sposób owady z hodowli. Zapewnienie niedrogiej profilaktyki i leczenia malarii jest kolejnym sposobem rozwiązania tego problemu. Podróżującym do regionów z endemiczną malarią zazwyczaj zaleca się przyjmowanie leków profilaktycznych, aby nie przenosiły wirusa do domu.
W krajach, w których infrastruktura zdrowia publicznego jest niestabilna i słabo wspierana, endemiczna malaria jest trudna do zwalczenia. Mogą istnieć regiony, w których ludzie mają wirusa pod kontrolą, ale w innych może on być szeroko rozpowszechniony i bardzo powszechny. Gdy ludzie podróżują między regionami, zabierają ze sobą pasożyta tam iz powrotem, tworząc nowe nawroty choroby. Konsekwentna, a nawet polityka kontroli malarii również musi przekraczać granice, ponieważ rygorystyczny program w jednym kraju niewiele przyniesie korzyści, jeśli sąsiedni kraj ma nieskuteczny program kontroli malarii.