Odporność naturalna opisuje stan odporności na choroby; taki stan ma swój początek w zdrowym układzie odpornościowym. Ta forma odporności jest odpornością dziedziczoną po rodzicach, w przeciwieństwie do odporności nabytej, którą rozwija się w ciągu życia. Nabyta odporność jest budowana, gdy ktoś cierpi na daną chorobę i ją pokona; komórki pamięci w układzie odpornościowym zasadniczo uczą się choroby i pamiętają, jak ją pokonać w przyszłości. Jeśli dana osoba nie urodziła się z jakąś formą odziedziczonej odporności, jest mało prawdopodobne, aby przeżyła niemowlęctwo, ponieważ istnieje wiele powszechnych chorób, które byłyby śmiertelne dla osób bez odporności.
Jedną z głównych właściwości zdrowego i skutecznego układu odpornościowego jest zdolność do rozróżniania między sobą a nie-ja. Naturalna odporność nadaje tę zdolność niemowlęciu do pewnego stopnia, pozwalając jego układowi odpornościowemu identyfikować i zwalczać zagrożenia. Gdyby czyjś układ odpornościowy nie był w stanie odróżnić „ja” od „nie-ja”, prawdopodobnie atakowałby różne niezbędne aspekty ciała, a nie szkodliwe i antagonistyczne elementy. Naturalna odporność zapewnia, że nie stanowi to problemu u zdrowych niemowląt; ich układ odpornościowy jest już w stanie odróżnić siebie od nie-ja, identyfikować zagrożenia i walczyć z wieloma powszechnymi dolegliwościami.
Działanie odporności naturalnej i nabytej jest ściśle związane z cząsteczkami zwanymi antygenami. Antygeny to substancje wywołujące pewną formę odpowiedzi immunologicznej. Gdy układ odpornościowy skonfrontuje się z danym antygenem, ma on tendencję do zapamiętywania go i jest w stanie wykonać znacznie skuteczniejszą obronę następnym razem, gdy pojawi się antygen, który wywołał reakcję. Odziedziczona odporność nie wymaga takiej pamięci; układ odpornościowy jest natychmiast zdolny do skutecznej odpowiedzi na pewne antygeny w oparciu, do pewnego stopnia, na nabyty układ odpornościowy rodziców danej osoby.
Odpowiedź immunologiczna może być specyficzna lub niespecyficzna, w zależności od szczególnego charakteru zagrożenia dla zdrowia danej osoby. Specyficzne odpowiedzi immunologiczne są ukierunkowane na określone zagrożenia, podczas gdy niespecyficzne odpowiedzi immunologiczne są skuteczne wobec wielu różnych problemów. Większość możliwości naturalnej odporności koncentruje się wokół niespecyficznych odpowiedzi immunologicznych, które mogą poradzić sobie z wieloma rodzajami zagrożeń. Po urodzeniu, gdy osoba jest narażona na różne choroby i antygeny poprzez choroby lub szczepionki, zaczyna budować bibliotekę specyficznych, ukierunkowanych odpowiedzi immunologicznych, które pozwalają mu skutecznie radzić sobie z różnymi specyficznymi zagrożeniami.