Co to jest promotor RNA?

Promotor RNA to sekwencja nukleotydów poprzedzająca gen kodujący kwas rybonukleinowy (RNA). Ta sekwencja znajduje się w kwasie dezoksyrybonukleinowym (DNA) komórki i, jak wszystkie promotory, promotor RNA ułatwia transkrypcję genów. Różnica między tym typem promotora a innymi typami promotorów polega na tym, że podczas gdy wiele genów następujących po promotorze koduje RNA pamięci (mRNA), geny następujące po kodzie promotora RNA dla rybosomalnego RNA (rRNA) są używane w rybosomach, aby pomóc w tłumaczeniu mRNA na białka. Promotory RNA znajdują się w informacji genetycznej wszystkich komórek eukariotycznych, więc mają je wszystkie organizmy z wyjątkiem bakterii i wirusów. Ten promotor może być rozpoznany przez białka, które wiążą się zarówno z jego sekwencją nukleotydową, jak i enzymem odpowiedzialnym za transkrypcję, przyspieszając tempo transkrypcji.

Promotor RNA spełnia swoją funkcję, zapewniając miejsce wiązania polimerazy RNA I, enzymu transkrypującego rRNA, a także powiązanych czynników transkrypcyjnych. Sekwencja promotora w DNA jest inna niż w większości genów, które wykorzystują serię nukleotydów tyminę i adeninę zwaną blokiem TATA. Zamiast tego promotor RNA ma sekwencję zwaną sekwencją kontrolną w górę (UCS), która jest rozpoznawana przez białko zwane czynnikiem wiążącym w górę (UBF). Po ich związaniu powstaje większy kompleks białkowy, zwany czynnikiem inicjacji transkrypcji IB (TIF-IB). TIF-IB składa się z białka wiążącego TATA (TBP) stosowanego w innych promotorach, a także enzymów innych czynników transkrypcyjnych. Inne obecne enzymy pomagają TBP wiązać się z UBF, ponieważ, jak wspomniano powyżej, na sekwencjach kodujących rRNA DNA nie ma kasety TATA, z którą mógłby się on wiązać.

Po związaniu kompleksu TIF-IB w górę od genu kodującego rRNA jest on fosforylowany, co aktywuje kompleks i umożliwia mu rekrutację i wiązanie polimerazy I RNA. Jest to jedyny enzym, który jest w stanie dokonać transkrypcji sekwencji DNA kodującej rRNA i jako taki jest jedynym typem polimerazy, który wykorzystuje promotor RNA. Wiąże się z częścią kompleksu promotorowego, który składa się z czynnika IA związanego z TBP, a następnie z kolei może wiązać się z sekwencją DNA w dół od kompleksu promotorowego, który koduje rRNA. Dzięki temu promotorowi, polimerazie RNA, mogę znaleźć sekwencje DNA niezbędne do transkrypcji znacznie szybciej, niż gdyby musiała zlokalizować te sekwencje samodzielnie, więc ten promotor jest środkiem regulującym szybkość transkrypcji rRNA.