Krakersy pełnoziarniste, w przeciwieństwie do standardowych białych krakersów, są wytwarzane z mąki, która wykorzystuje całe ziarno. W rezultacie oferują więcej korzyści odżywczych niż krakersy niewytworzone z pełnych ziaren. To powoduje, że wiele osób postrzega krakersy pełnoziarniste jako zdrowszą alternatywę. Wielu piekarzy uwzględnia nawet inne zdrowe składniki w swoich przepisach, aby nadać gotowemu krakersowi dodatkową wartość odżywczą.
Wszystkie krakersy pełnoziarniste zaczynają się od mąki pełnoziarnistej. Te rodzaje mąki wytwarza się przez zmielenie otrębów, kiełków i bielma ziarna. Inne rodzaje mąki wykorzystują tylko bielmo.
Wśród rodzajów mąki używanej do krakersów pełnoziarnistych najczęstsze są mąka pełnoziarnista i mąka graham. Oba mają szorstką teksturę i są wytwarzane przez zmielenie pszenicy. Mąka Graham miele oddzielnie otręby i zarodki, jednak warstwę otrębów rozdrabnia na grube kawałki, a zarodki na drobne kawałki. Mąka pełnoziarnista rozdrabnia całe ziarno od razu. Piekarze mogą używać innych mąk pełnoziarnistych — takich jak mąka żytnia, mąka orkiszowa i mąka sojowa — ale pojawiają się one rzadziej w przepisach na krakersy.
Dodatkowe składniki powszechnie występujące w krakersach pełnoziarnistych to sól, olej i woda. Olej i woda zapewniają wystarczającą ilość wilgoci, aby uformować płaskie ciasto. Sól dodaje krakersom smaku. Niektórzy kucharze toczą ciasto w uniwersalnej mące, a niektórzy nawet dodają niewielką ilość uniwersalnej mąki do mąki pełnoziarnistej, aby uzyskać delikatniejszą konsystencję.
W zależności od osobistych preferencji piekarze dodają do swoich przepisów inne przyprawy i składniki, które dodatkowo zmieniają smak. Nasiona, w tym sezam, kminek i mak, nadają subtelny smak i nowy wymiar tekstury. Przyprawy, takie jak czosnek w proszku i cebula w proszku, tworzą krakers o bardziej pikantnym smaku. Miód i cukier dodają słodyczy krakersowi. Odwodnione warzywa, pieczone i drobno posiekane, dodaj więcej witamin i stwórz dobrze zbilansowany pod względem odżywczym krakers.
W większości przepisów na krakersy piekarz najpierw miesza ze sobą suche składniki. Dodaje olej, aż połączy się z suchymi składnikami, a następnie powoli dodaje wodę, aż powstanie ciasto. Kucharz musi zagnieść i rozwałkować ciasto przed pokrojeniem go w kształty, jakie chce na krakersy. Te wycięte kawałki ciasta są pieczone, aż będą chrupiące i zrumienione.
Krakersy pełnoziarniste mają większą wartość odżywczą niż inne rodzaje krakersów. Rafinowana mąka wykorzystuje tylko bielmo, które zawiera większość węglowodanów, białek, witamin i minerałów zawartych w jądrze. Zarodek zawiera dodatkowe witaminy, białko, minerały i zdrowe tłuszcze, a otręby zawierają witaminy, błonnik i przeciwutleniacze. Podczas gdy krakersy zrobione z rafinowanej mąki nadal mają wartość odżywczą, krakersy zrobione z pełnych ziaren mają pełniejszy profil odżywczy.