Wafle pełnoziarniste to gofry, które zawierają składniki pełnoziarniste zamiast lub oprócz białej mąki w przepisie. Te składniki to mąka pszenna, siemię lniane, płatki owsiane, mąka owsiana, otręby owsiane i kiełki pszenicy. Niektórzy kucharze robią gofry pełnoziarniste zamiast gofrów z białej mąki, ponieważ pełne ziarna dostarczają błonnika, który wspomaga trawienie, a czasami zaspokaja głód na dłużej niż mąka wzbogacona. Te odżywcze dodatki mogą również nadać gofram orzechowy smak, który wielu uważa za pożądany.
Robienie gofrów pełnoziarnistych może być tak proste, jak zastąpienie białej mąki w przepisie mąką pszenną lub owsianą. Osoby używające mąki pszennej mogą całkowicie pominąć białą mąkę na rzecz bardzo ciężkiego, gęstego gofra lub zastąpić połowę lub trzy czwarte białej mąki lżejszą wersją. Mąka owsiana może sprawić, że gofry będą nieco gęstsze, ale zwykle są lżejsze i nieco mniej zauważalne niż mąka pszenna. Można kupić już zmieloną mąkę owsianą lub zrobić ją w domu, dodając do robota kuchennego lub młynka do kawy płatki owsiane lub pokrojone w stal.
Kucharze, którzy nie chcą zastępować białej mąki w swoim przepisie na gofry, nadal mogą robić gofry pełnoziarniste. Zazwyczaj wystarczy zastąpić część białej mąki łyżką pełnego płatków owsianych. Można też dodać do przepisu mocne posypanie mielonym siemieniem lnianym, kiełkami pszenicy lub otrębami owsianymi. Żaden z tych dodatków nie powinien zmienić sposobu gotowania ciasta, ale doda subtelnych aspektów do smaku gofrów, a także błonnika, kwasów tłuszczowych omega-3 i witamin.
Modyfikując istniejące receptury na gofry, aby zrobić gofry pełnoziarniste, należy zazwyczaj zachować ostrożność. Zbyt wiele zamienników może stworzyć gęste i gumowate lub bardzo cienkie i płynne ciasto, które zwykle nie nadają się do gofrów, pełnoziarnistych lub innych. Ciasto gumowate może skorzystać z odrobiny dodatkowego oleju lub musu jabłkowego, jeśli kucharz chce zrobić beztłuszczowe gofry pełnoziarniste. Ci, którzy mają na rękach cieknące ciasto, powinni spróbować lekko posypać mąką pełnoziarnistą, owsianką lub innym pełnym ziarnem, aż ciasto nabierze pożądanej konsystencji.
Wiele przepisów na gofry pełnoziarniste zawiera również orzechy i owoce. Orzechy włoskie, migdały i orzechy pekan ogólnie uzupełniają i wzmacniają orzechowy smak gofrów pełnoziarnistych. Owoce, takie jak banany, jabłka i słodkie jagody, również uzupełniają produkty pełnoziarniste i pomagają ukryć wszelką ostrość przed nadmiarem siemienia lnianego lub kiełków pszenicy. Puree ze słodkich ziemniaków i dyni mogą zamienić pełnoziarniste gofry w pyszny jesienny przysmak.