Pełnoziarniste ciasteczka czekoladowe są zwykle przygotowywane z mąki pełnoziarnistej zamiast rafinowanej białej lub uniwersalnej mąki. Niektóre przepisy na pełnoziarniste ciasteczka z kawałkami czekolady mogą zawierać również inne ziarna, takie jak płatki owsiane. Ciasteczka mogą również zawierać mniej cukru niż standardowe ciasteczka z kawałkami czekolady. Podobnie jak zwykłe ciasteczka z kawałkami czekolady, ciasteczka pełnoziarniste zawierają również masło i mogą zawierać jajka.
Kucharz może zdecydować się na użycie zwykłej mąki pełnoziarnistej do przygotowania partii pełnoziarnistych ciasteczek z kawałkami czekolady. Niektórzy kucharze uważają, że biała mąka pełnoziarnista, która jest wytwarzana z innej odmiany pszenicy, nadaje ciastkom jaśniejszy smak i gładszą konsystencję niż zwykła mąka pełnoziarnista. Inną opcją jest użycie drobniej zmielonej mąki pełnoziarnistej. Zwykła mąka pełnoziarnista ma silny smak, który dla niektórych może być zniechęcający.
Oprócz mąki pełnoziarnistej, niektóre rodzaje pełnoziarnistych ciasteczek czekoladowych zawierają inne rodzaje zbóż. Kucharz może chcieć dodać do ciastek płatki owsiane lub płatki owsiane, które zostały zmielone w robocie kuchennym, zamiast części mąki pełnoziarnistej. Płatki owsiane nadają ciasteczkom orzechowy smak, a także dodają konsystencji.
Wiele przepisów na pełnoziarniste ciasteczka z kawałkami czekolady stara się być zdrowsze niż przepisy na zwykłe ciasteczka. Przepis może wymagać mniejszej ilości cukru niż zwykle, chociaż nie zawsze tak jest. Zazwyczaj przepisy na ciasteczka z kawałkami czekolady wymagają zarówno brązowych, jak i białych cukrów granulowanych.
Inne składniki pełnoziarnistych ciasteczek z kawałkami czekolady znajdują się również w zwykłych ciasteczkach z kawałkami czekolady. Masło odgrywa ważną rolę w aromatyzowaniu ciasteczek i trzymaniu ich razem. Niektóre przepisy mogą wymagać schłodzonego masła, które jest krojone w ciasto, podczas gdy inne wymagają zmiękczonego masła, które jest śmietanką z cukrem.
Zazwyczaj ciasteczka zawierają jajka, chociaż kilka przepisów całkowicie je pomija. Niektóre przepisy mogą wymagać zamiennika jajka, takiego jak skrobia lub nasiona lnu. Inni nie wspominają o zastąpieniu jajka. W niektórych przypadkach przepis może wymagać użycia całego jajka i żółtka jaja.
Wielkość ciasteczek z kawałkami czekolady pełnoziarnistej może być różna. Niektóre ciasteczka są małe, podczas gdy inne zawierają dużo ciasta na miarkę. Kucharz, który nie chce dzielić ciasta na pojedyncze ciasteczka, może rozłożyć je na patelni lub naczyniu do pieczenia i upiec jedno duże ciastko, które można pokroić jak ciasteczka.