Chociaż nie ma niezawodnego sposobu na całkowite uniknięcie zatrucia pokarmowego przez skorupiaki, istnieją kroki, które należy podjąć, aby konsumpcja była względnie bezpieczna. Zatrucie pokarmowe spowodowane przez skorupiaki najczęściej ma miejsce podczas spożywania skorupiaków z wody, która może być skażona przez czerwone przypływy lub która została niedawno skażona. Komercyjny przemysł skorupiaków jest regulowany, a operacje są regularnie kontrolowane, dzięki czemu większość komercyjnych skorupiaków jest bezpieczna do spożycia. Większość zatruć pokarmowych przez skorupiaki ma miejsce, gdy amatorzy zbierają i jedzą skażone skorupiaki. Ryzykowne jest również spożywanie surowych lub niedogotowanych skorupiaków.
Jak każda inna żywność, skorupiaki mogą zostać skażone bakteriami i szkodliwymi mikroorganizmami w wyniku niewłaściwego obchodzenia się z nimi. Skorupiaki powinny być zawsze pozyskiwane z renomowanych źródeł. Nigdy nie jedz żadnych skorupiaków, jeśli nie jesteś pewien ich źródła. Wszelkie owoce morza należy przygotowywać z umytymi rękami i czystymi naczyniami oraz w czystym miejscu pracy. Dokładne gotowanie skorupiaków zabije wiele szkodliwych mikroorganizmów.
Czasami skorupiaki mogą zawierać toksyny, które są stabilne termicznie i nie można ich usunąć podczas gotowania. Najlepiej unikać spożywania skorupiaków w ciepłe letnie miesiące, zwłaszcza jeśli czerwone przypływy były silne. Podczas czerwonej fali populacje fitoplanktonu stają się tak liczne, że ich ciała powodują, że woda wydaje się czerwonawa. Wytwarzane są naturalne toksyny, które mogą być spożywane przez skorupiaki. Ponieważ skorupiaki są filtratorami, ich ciała mogą gromadzić toksyny i powodować choroby u ludzi lub zwierząt, które je zjadają.
Zatrucie pokarmowe przez skorupiaki może również wystąpić, gdy skorupiaki są skażone wirusem zapalenia wątroby typu A lub wirusem Norwalk. Ponadto istnieją cztery rozpoznane rodzaje zatruć mięczakami w wyniku naturalnej akumulacji toksyn. Amnezja i neurotoksyczne zatrucie mięczakami może powodować choroby, ale nie są znane przypadki zgonów. Wybuch zatrucia amnezją skorupiakami w 1987 roku we wschodniej Kanadzie miał 3-procentowy wskaźnik śmiertelności. Zatrucie porażennymi skorupiakami jest najbardziej śmiertelne, ze śmiertelnością od 1 do 12 procent.
Niektóre populacje są narażone na zwiększone ryzyko zatrucia pokarmowego przez skorupiaki. Należą do nich dzieci i osoby starsze, zwłaszcza jeśli mają osłabiony układ odpornościowy. Większość przypadków zatrucia skorupiakami ustępuje samoistnie, ale należy zwrócić się o pomoc medyczną w przypadku podejrzenia zatrucia pokarmowego przez skorupiaki. Objawy niektórych zatruć mogą pojawić się w ciągu kilku minut po spożyciu skorupiaków i obejmują mrowienie lub pieczenie warg i języka, nudności i ból brzucha. Inne rodzaje zatrucia skorupiakami, takie jak wirusowe zapalenie wątroby typu A, mogą pojawić się po kilku tygodniach.
Chociaż częstość występowania czerwonych przypływów wciąż rośnie, należy pamiętać, że spożywanie większości skorupiaków jest całkowicie bezpieczne. Ponieważ skorupiaki pozyskiwane w handlu podlegają surowym przepisom dotyczącym praktyk, społeczeństwo nadal cieszy się nimi bez nadmiernego obaw. Ogólnie rzecz biorąc, korzyści żywieniowe wynikające ze spożywania skorupiaków przewyższają ryzyko zatrucia, zwłaszcza jeśli skorupiaki są pozyskiwane z handlu i dokładnie ugotowane.