Początek epidemii AIDS to subtelna zmiana w materiale genetycznym wirusa, która pozwoliła wirusowi stać się odzwierzęcą, co oznacza, że mógł zostać przeniesiony ze zwierząt na ludzi. Przez okres, który prawdopodobnie trwał dziesięciolecia, wirus był wielokrotnie przenoszony z naczelnych w Afryce na ludzi, aż w końcu ustanowił przyczółek w populacji ludzkiej i zaczął rozprzestrzeniać się poza granice kontynentu afrykańskiego. Zanim naukowcy i lekarze byli w stanie połączyć wszystkie kropki, epidemia AIDS rozprzestrzeniła się na większą część świata; od 2007 r. ponad 33 miliony ludzi na całym świecie zostało zarażonych wirusem HIV, który rozwija się w AIDS.
Istnieje pewien spór co do początku epidemii AIDS i nawet teraz naukowcy wciąż układają elementy układanki. Oczywiste jest, że wirus HIV pochodzi od naczelnych żyjących w Afryce Zachodniej i Środkowej i że prawdopodobnie został przeniesiony na ludzi w społecznościach, w których ludzie jedzą mięso naczelnych. Niektórzy badacze sugerują, że rozwój miast w Afryce mógł również przyczynić się do rozprzestrzeniania się AIDS poprzez koncentrację populacji ludzkich.
Z Afryki wirus AIDS przeniósł się na Haiti, a następnie zaczął szybko rozprzestrzeniać się w różnych kierunkach. Stewardesa homoseksualna, czasami nazywana „Pacjentem Zero”, jest często oczerniana za spowodowanie epidemii AIDS, ale wszystkie dowody sugerują, że wirus rozprzestrzeniał się jednocześnie w kilku społecznościach; wirus HIV w rzeczywistości ma kilka różnych grup lub „kladów”, co ilustruje fakt, że nie został wywołany przez pojedynczą osobę.
Klady sugerują również coś bardziej interesującego, a mianowicie to, że HIV i AIDS są prawdopodobnie znacznie starsze, niż się ludziom wydaje. Powszechna wiedza na temat epidemii AIDS sugeruje, że wirus powstał w latach 1980., ale w rzeczywistości prawdopodobnie zaczął się rozprzestrzeniać w latach 1930., rosnąc wykładniczo, aż w latach 1980. było wystarczająco dużo przypadków, aby lekarze zdali sobie sprawę, że mieli epidemię. Co najmniej jedna udokumentowana śmierć z powodu AIDS pochodzi z lat pięćdziesiątych, potwierdzając ten pogląd.
Dowiadując się więcej o rozprzestrzenianiu się epidemii AIDS, naukowcy mają nadzieję odkryć nowe techniki leczenia i być może leczenia lub szczepień przeciwko chorobie. Na przykład różne klady reagują w unikalny sposób na leczenie, co ilustruje różnorodność wirusów HIV i AIDS, a niektóre klady są bardziej śmiertelne niż inne; mniej śmiertelne klady są prawdopodobnie starsze, ponieważ ich ofiary żyłyby wystarczająco długo, aby choroba mogła się dalej rozprzestrzeniać.