Fizjologia często bada funkcje różnych części ciała lub układów narządów żywej istoty. W tym świetle fizjologię układu kostnego można określić w pięciu słowach: kształt, podparcie, ochrona, przechowywanie i ruch. Funkcje te dotyczą zarówno organizmu ludzkiego, jak i prawie wszystkich zwierząt zaliczonych do kręgowców. Często fizjologia układu kostnego ludzkiego ciała jest badana poprzez analizę układów kostnych różnych zwierząt i odwrotnie, ponieważ obie struktury szkieletowe są zwykle homologiczne lub mają taką samą strukturę.
Jedną z ważnych funkcji układu szkieletowego jest podtrzymywanie i nadawanie kształtu ciału, tak jak budynki i domy są początkowo budowane z metalowych lub drewnianych ram, aby ustalić ostateczny kształt konstrukcji. Na przykład czaszka, składająca się z ponad 20 kości, jest bardzo ważna, ponieważ kształtuje oczy, nos i ogólną głowę. Bez niego głowy ludzi i zwierząt wyglądałyby bardzo nieregularnie i zniekształcone. Podobnie jest z resztą ciała; bez twardej i sztywnej kompozycji układu kostnego ciała ludzkie i zwierzęce nie będą miały swojego określonego kształtu, który odróżniałby od każdego gatunku.
Fizjologia kształtowania układu kostnego również idzie w parze z udzielaniem wsparcia, pomaganiem ciału w udźwignięciu jego ciężaru. W ludzkim ciele kręgosłup lub kręgosłup biegnący w dół pleców to kość, która przenosi większość ciężaru ciała i utrzymuje ciało w pozycji pionowej. Być może nie jest też przypadkiem, że kość udowa lub udowa są największą kością wśród większości zwierząt, w tym ludzi, ponieważ ich większa waga i rozmiar pomagają unosić górną część ciała, zwłaszcza gdy ciało jest w ruchu.
Inną ważną funkcją szkieletu jest ochrona ważnych narządów. Widać to w czaszce, która otacza oczy, uszy i, co najważniejsze, mózg. Z drugiej strony klatka piersiowa działa jak tarcza dla płuc, serca i połączonych z nimi dużych naczyń krwionośnych. Nawet kręgosłup jest przykładem fizjologii ochronnej układu kostnego, ponieważ zawiera rdzeń kręgowy, bardzo istotną część układu nerwowego. Kości pełnią również funkcję systemu magazynowania wielu niezbędnych minerałów, takich jak wapń i żelazo, a także nowych komórek krwi, które codziennie powstają w szpiku kostnym.
Fizjologia układu kostnego pozwala również ciału na poruszanie się w różnych zakresach ruchu. Dzieje się tak, ponieważ kości mają stawy na obu końcach, które łączą je ze sobą, ale nadal pozwalają im skręcać się i obracać w różnych kierunkach. Układ kostny jest często wspomagany przez układ mięśniowy i kontrolowany przez układ nerwowy.