Główną funkcją systemu powłokowego jest zapewnienie ochronnej osłony ciała. System ten obejmuje skórę i powiązane struktury, takie jak włosy, gruczoły potowe i łojowe oraz paznokcie. Stanowi barierę dla wysokich i niskich temperatur, szkodliwych chemikaliów i promieniowania słonecznego oraz mikroorganizmów. Ponadto pełni ważną rolę w odczuwaniu dotyku i pomaga utrzymać temperaturę ciała. Podobnie system powłokowy jest ważny dla produkcji witaminy D i odgrywa niewielką rolę w wydalaniu odpadów.
Ten system jest pierwszą obroną organizmu przed uszkodzeniem lub urazem. Skóra chroni narządy wewnętrzne i inne struktury przed urazami spowodowanymi tarciem, takimi jak zadrapania czy skaleczenia. Chroni również mikroorganizmy, takie jak bakterie. Włosy między innymi izolują ciało, chronią je przed działaniem promieni słonecznych i zapobiegają podrażnieniom oczu. Paznokcie zapobiegają urazom końców palców rąk i nóg.
Skóra jest również ważna dla utrzymania wewnętrznej temperatury ciała. Parowanie potu ze skóry wymaga ciepła, które pomaga schłodzić ciało. W ekstremalnych warunkach może to być nawet 2 galony (7.5 litra) lub więcej. Gdy temperatura ciała wzrasta, zwiększa się również przepływ krwi do skóry, gdzie nadmiar ciepła jest tracony w wyniku konwekcji. W chłodniejszych środowiskach zmniejsza się przepływ krwi do skóry, co zmniejsza utratę ciepła.
Dostarczanie informacji o środowisku organizmu jest również ważną funkcją systemu powłokowego. Zakończenia nerwowe w skórze pozwalają ciału wyczuwać zmiany temperatury, nacisk i dotyk. W górnej warstwie znajdują się receptory odpowiedzialne za zmysł dotyku, podczas gdy te w dolnej warstwie skóry mogą wyczuwać ciepło i zimno, ucisk i ból. Mieszki włosowe, ale nie same włosy, również reagują na dotyk.
Pomaganie organizmowi w wytwarzaniu witaminy D jest ważną rolą skóry. Część procesu zachodzi, gdy światło ultrafioletowe ze słońca uderza w cząsteczki prekursorowe w skórze. Zmienione cząsteczki są później przekształcane w aktywną formę witaminy D w nerkach i wątrobie. Organizm może w ten sposób wyprodukować całą niezbędną witaminę D, pod warunkiem, że dostępna jest wystarczająca ilość światła słonecznego.
Mniejszą funkcją systemu jest wydalanie odpadów. Pot to prawie cała woda, ale zawiera niewielkie ilości produktów przemiany materii, takich jak mocznik, kwas moczowy i amoniak. Inne narządy, takie jak nerki, odgrywają znacznie większą rolę w usuwaniu z organizmu produktów przemiany materii.