Struktura organizacyjna to ramy, w których pracownicy przedsiębiorstwa lub organizacji są nadzorowani i przydzielane są zadania. Chociaż taki porządek ma szerokie implikacje dotyczące ogólnego sposobu, w jaki organizacja realizuje swoje cele, ma również silny wpływ na zarządzanie konkretnymi projektami. Rola struktury organizacyjnej w zarządzaniu projektami jest istotna, ponieważ struktury nadzoru i alokacji zadań w organizacji bezpośrednio wpływają na oczekiwania, poziom autonomii oraz elastyczność, jaką dają ludziom lub grupom pracującym nad określonymi projektami. Struktura organizacyjna może również wpływać na sposób, w jaki różne grupy pracujące razem nad projektem współdziałają ze sobą i jak przydzielane są ograniczone zasoby projektowe.
Wiele organizacji ma strukturę ściśle hierarchiczną, co oznacza, że istnieje sztywno zdefiniowana struktura władzy, w której przełożeni podejmują decyzje kierujące działaniami ich podwładnych. Hierarchiczna struktura organizacyjna generalnie wymusza stabilność i efektywność w zarządzaniu projektami. Przełożeni podejmują główne decyzje dotyczące przebiegu projektu, harmonogramu oraz przydziału zadań i zasobów, a ich podwładni wykonują zadania z niewielką lub żadną autonomią. Tego typu struktura organizacyjna może prowadzić do szybkiej realizacji projektów i efektywnego wykorzystania zasobów.
Inne struktury organizacyjne, choć ogólnie ogólnie hierarchiczne, pozwalają na dużą autonomię w zarządzaniu projektami. Celem tej formy struktury organizacyjnej w zarządzaniu projektami jest umożliwienie większej kreatywności i innowacyjności. Projekty są często realizowane przez małe, samodzielne „zespoły” posiadające własne struktury organizacyjne. Chociaż oczekuje się, że zespoły lub autonomiczne osoby będą zgłaszać swoje postępy przełożonym, często nie muszą przestrzegać ścisłego harmonogramu i mogą w dużej mierze samodzielnie określić najlepszy sposób ukończenia projektu. Tego typu struktura często skutkuje wolniejszą realizacją projektów i mniej efektywnym wykorzystaniem zasobów, ale sprzyja innowacjom, które mogą znacznie podnieść wartość danego projektu.
Struktura organizacyjna może wpływać na zarządzanie projektami na kilka innych sposobów. W niektórych przypadkach, na przykład, struktura organizacji obejmuje szczegółowe programy szkoleniowe, które mogą poprawić zdolności menedżerów i pracowników do realizacji określonych typów projektów. Niektóre struktury usprawniają projekt zarządzania projektami i skutkują efektywnym wykorzystaniem zasobów i zdolnymi pracownikami. Inne, szczególnie nadmiernie złożone struktury, mogą po prostu komplikować zarządzanie projektami i skutkować nieprzeniknionymi biurokratycznymi barierami w zarządzaniu i realizacji projektów.