Różnica między morzem a jeziorem sprowadza się w dużej mierze do trwałości. Morze jest cechą trwalszą, podczas gdy jezioro jest stosunkowo tymczasowe. Te ramy czasowe są względne i powinny być badane w skali milionów lat.
W skali geologicznej, która obejmuje i mierzy inne masowe, powolne zdarzenia, takie jak epoki lodowcowe i przesunięcia płyt, jezioro jest cechą tymczasową. Jezioro może powstawać na wiele sposobów, od ruchów lodowca po wewnętrzne zapadanie się wulkanu. Z biegiem czasu wgłębienie w powierzchni Ziemi wypełnia się wodą, życie zajmuje miejsce zamieszkania i powstaje cały ekosystem. W końcu jezioro zostanie osuszone, odcięte od źródeł rzeki lub wyschnie. Cykl życia jeziora jest dobrze zdefiniowany i to z kolei oddziela morze od jeziora.
Z drugiej strony morze jest trwalszym zbiornikiem wodnym, zwykle połączonym z jedynym większym zbiornikiem wodnym: oceanem. Linia brzegowa morza może się zmienić, ale zbiornik wodny pozostaje. Ponieważ morze jest połączone z oceanami, które są słoną wodą, większość mórz jest również słoną wodą. Nie jest to jednak różnica między morzem a jeziorem, ponieważ jeziora są częściej słodkowodne, ale mogą być słone w zależności od źródła i otoczenia. Dowody geologiczne wskazują, że stan wody słodkiej lub słonej w jeziorze może się zmieniać, tak jak w Morzu Czarnym.
Różnica między morzem a jeziorem nie zawsze była tak wyraźna, w związku z czym wiele z nich zostało błędnie nazwanych. W rzeczywistości największe jezioro na świecie nosi nazwę morza. Morze Kaspijskie, które leży na północ od Iranu i na wschód od Turcji, jest akwenem śródlądowym uważanym za tymczasowy, ponieważ nie uchodzi do oceanu ani nie jest przez niego zasilany. Podobnie jak wiele jezior, Morze Kaspijskie jest niezwykle wrażliwe na zanieczyszczenia i obecność gatunków inwazyjnych. W niektórych przypadkach rozróżnienie między morzem a jeziorem zostało dodatkowo zaciemnione przez tłumaczenie; nie wszystkie nazwy i słowa dobrze przekładają się z jednego języka na inny, w związku z czym zbiorniki wodne są często mylnie nazywane.
Dno dna jeziora zazwyczaj pokazuje historię jego powstawania i wzrostu w warstwach osadów. Wyschnięte dna jezior pozostawiają ślady zamieszkujących je roślin i zwierząt, zanieczyszczenia, minerały i poziomy materii organicznej, które odzwierciedlają delikatną równowagę, jaka istniała podczas ich życia. Chociaż linia brzegowa morza może się zmieniać, dno morskie jest zazwyczaj zawsze ukryte.