Orkisz i pszenica są powszechnie stosowane w pieczywie i wypiekach i mają niewielkie różnice w konsystencji, smaku i wartościach odżywczych, w zależności od rasy. Chociaż orkisz i pszenica zawierają gluten, który jest białkiem, orkisz zawiera większą ilość białka i aminokwasów. Różnice w smaku różnią się nieznacznie, w zależności od rasy, metody przetwarzania i gotowania, co prowadzi do tego, że niektóre osoby zastępują jedno na drugim w przepisach na wypieki. Oba zboża są nieodpowiednie dla osób z celiakią lub cierpiących na nietolerancję glutenu, ponieważ pochodzą z tej samej rodziny zbóż i oba zawierają gluten.
Nie jest niczym niezwykłym, że alternatywne przepisy wykorzystują mąkę orkiszową, starożytne ziarno, które poprzedza użycie pszenicy i innych zbóż nadających się do pieczenia i gotowania. Mąkę orkiszową i pszenną można stosować zamiennie w przepisie, dość łatwo zastępując jedną drugą w każdym wypieku. Różnica w konsystencji i smaku jest nieco zauważalna i często występuje w postaci pełnego ziarna i nie jest rafinowana przed zmieleniem na mąkę. Używanie mąki orkiszowej zamiast mąki pszennej, zarówno pełnej, jak i rafinowanej, często skutkuje gęstszym chlebem i bardziej orzechowym, słodszym smakiem.
Ziarno orkiszu zawiera nieco większą ilość składników odżywczych w swoim profilu odżywczym niż zwykła pszenica, w zależności od rasy orkiszu. W związku z tym orkisz jest często używany w zdrowych przepisach, aby zwiększyć wartość odżywczą wypieku i zwiększyć ilość białka. Chociaż orkisz zawiera nieco więcej składników odżywczych niż pszenica, nadal niekoniecznie wytwarza znaczną ilość składników odżywczych potrzebnych do zaspokojenia dziennego zapotrzebowania na energię. Mąka pszenna, a zwłaszcza rafinowana biała mąka pszenna, często różni się od mąki orkiszowej zarówno pod względem składników odżywczych, jak i jaśniejszego smaku i tekstury wytwarzanej w wypiekach.
Czasami można zasugerować, że orkisz jest bezpieczny dla osób cierpiących na nietolerancję glutenu lub celiakię, stan, który powoduje słaby rozkład białka glutenowego. To nieprawda, ponieważ orkisz i pszenica pochodzą z tej samej rodziny i zawierają białko glutenu, które może uszkodzić wewnętrzną wyściółkę jelita cienkiego. Pszenica jest często najczęstszym ziarnem używanym w wypiekach, takich jak chleby i ciasta, ponieważ jest tańsza i bardziej dostępna na rynku. Dlatego ceny mąki orkiszowej i pszennej często różnią się ceną, a na niektórych rynkach cena mąki orkiszowej jest nieco wyższa niż mąki pszennej.