Różnice między związkiem cywilnym a małżeństwem są liczne. Na przykład w USA małżeństwo zapewnia parom ponad 1,000 praw, ochrony i ulg podatkowych; te same prawa zazwyczaj nie są rozszerzane na osoby w związku cywilnym. Istnieje również różnica w tym, jak te dwa partnerstwa są postrzegane z prawnego punktu widzenia; małżeństwo jest uznawane przez prawie każdy rząd na całym świecie. Związek cywilny jest jednak uznawany tylko przez rządy, które dopuszczają taką formę statusu prawnego. Związek cywilny i małżeństwo różnią się również łatwością rozwiązania lub rozwiązania związku partnerskiego.
Trzy główne różnice między związkiem cywilnym a małżeństwem to podatki, ochrona prawna i kwestie zdrowotne. W amerykańskim systemie podatkowym pary małżeńskie mogą składać wnioski łącznie lub osobno, tym samym okazując się rodziną, co pozwala na dodatkowe odliczenia, kredyty, a często także na zmniejszenie zobowiązania podatkowego. Pomimo tego, że osoby w związku cywilnym są również rodziną, nie kwalifikują się do tych samych świadczeń i często w efekcie płacą więcej podatków niż małżeństwo o podobnych finansach.
W wielu krajach, gdy jeden z członków małżeństwa przechodzi dalej, wszelkie aktywa pozostawione pozostałemu przy życiu małżonkowi mogą zostać uznane za wolne od podatku lub podlegające obniżonym opodatkowaniu. Pozostały przy życiu partner w związku cywilnym w większości przypadków będzie musiał płacić podatki od wszystkiego, co pozostawione. W USA pozostający przy życiu partner związku cywilnego również nie kwalifikuje się do pobierania świadczeń z Ubezpieczeń Społecznych zmarłego partnera, do czego mogą być uprawnione pary małżeńskie. Podczas gdy małżeństwo często zapewnia każdemu z małżonków zapewnienie, że z odpowiednią wolą cały majątek małżeński, fundusze emerytalne i polisy ubezpieczeniowe na życie zostaną przekazane pozostałemu przy życiu małżonkowi, osoby pozostające w związku cywilnym są narażone na procesy sądowe o ten sam majątek od innych członków rodziny, nawet jeśli zmarły miał testament.
W małżeństwie, gdy jeden z małżonków pracuje dla pracodawcy, który zapewnia ubezpieczenie zdrowotne, często może dodać małżonka do polisy. W większości przypadków to samo świadczenie nie przysługuje partnerom w związku cywilnym. Ta różnica między związkiem cywilnym a małżeństwem może sprawić, że członkom związku cywilnego będzie niezwykle trudne i kosztowne posiadanie ubezpieczenia zdrowotnego, szczególnie w przypadkach, gdy jeden z partnerów zdecyduje się pozostać w domu z dziećmi, co sprawia, że partner nie kwalifikuje się do ubezpieczenia zdrowotnego pokrywanego przez pracodawcę .
Prawie każdy kraj uznaje małżeństwa w innych krajach, do tego stopnia, że wiele rządów zezwala obywatelom na zawarcie małżeństwa w innym kraju bez wypełniania jakichkolwiek dodatkowych dokumentów poza uzyskaniem tłumaczenia aktu małżeństwa, jeśli ma to zastosowanie. Inaczej jest w przypadku związku cywilnego. Aby para zawierająca związek cywilny została uznana za swoje ograniczone prawa, może mieszkać tylko na obszarze, który uznaje związki cywilne. Te miejscowości są często bardzo nieliczne, co ogranicza możliwości pracy i podróżowania.
Ponieważ w większości obszarów związki cywilne nie są jeszcze uznawane, rozwiązanie ich może okazać się trudne. Podczas gdy małżeństwo może zostać zakończone przez rozwód, rozwiązanie lub unieważnienie, niezależnie od jurysdykcji, w której para twierdzi, że ma miejsce zamieszkania, związek cywilny może zostać rozwiązany tylko przez rząd, który go uznaje. Oznacza to, że pary w związku cywilnym, które następnie przeprowadziły się do obszaru, który nie uznaje tego za legalny, mogą często być zmuszone do powrotu do obszaru, w którym pierwotnie je założyły, aby ubiegać się o miejsce zamieszkania. Może to zająć od trzech miesięcy do roku. Te różnice między związkiem cywilnym a małżeństwem znajdują się również na czele debaty dotyczącej małżeństw osób tej samej płci.