Struktura organizacyjna agencji reklamowej zależy od różnych czynników, takich jak wielkość firmy, liczba zatrudnionych w firmie osób oraz ilość i wartość pozyskanych kont. W większości sklepów prezes i dyrektor generalny (CEO) są na najwyższym poziomie. Po prezydencie departamenty działają na schemacie bocznym o równym znaczeniu, ponieważ wszystkie departamenty są od siebie współzależne. Te działy są oddzielone od czterech do pięciu różnych aspektów działalności reklamowej, w tym działów kreatywnych i menedżerów kont.
Prezes lub dyrektor generalny zazwyczaj znajduje się na najwyższym poziomie struktury organizacyjnej. Odpowiada za zarządzanie bieżącą działalnością agencji oraz alokuje finanse. Ponadto osoba ta pomaga w zarządzaniu kontem, strategiach marketingowych i reklamowych.
Pod CEO znajdują się account managerowie, dział kreatywny, kupcy mediów oraz zarządzanie ruchem lub produkcją. Opiekunowie klienta są odpowiedzialni za wprowadzanie nowego biznesu do agencji. Po założeniu konta menedżer konta i klient uzgadniają cele marketingowe i reklamowe. Opiekunowie klienta ustalają budżet i termin zakończenia projektu.
Copywriterzy i dyrektorzy artystyczni pracują w dziale kreatywnym i obaj ściśle ze sobą współpracują, aby tworzyć atrakcyjne i zapadające w pamięć kampanie reklamowe. Otrzymują wskazówki od opiekunów klientów, aby służyć potrzebom klienta. Zespół kreatywny odpowiada za przedstawienie szeregu pomysłów, z których do wyboru Account Managerowie. Wspólnie z opiekunami klienta ustalają budżet produkcyjny dla proponowanych pomysłów reklamowych oraz są obecni na prezentacjach dla klientów.
Jednym z ważniejszych działów w agencji reklamowej jest dział zakupu mediów oraz zespół zarządzający produkcją. Nabywcy mediów zapewniają najlepsze stawki za umieszczanie reklam w prasie, mediach lub Internecie i to od nich zależy sukces reklam. Zespół zarządzający produkcją jest odpowiedzialny za zapewnienie, że wszystkie działy mieszczą się w ramach wytycznych budżetowych określonych przez klienta i opiekunów klienta. Dbają o to, aby każda jednostka dotrzymywała terminów, oraz weryfikują poprawność gotowych reklam. Ponadto zespół zarządzający produkcją odpowiada za wszystkie obowiązki administracyjne w biurze.
W strukturze organizacyjnej agencji reklamowej istnieje trzeci poziom, składający się z personelu pomocniczego, który jest odpowiedzialny za asystowanie kluczowym osobom w innych działach. Każdy dział posiada własne wyspecjalizowane osoby wspierające, które wykonują określone zadania i pomagają w realizacji skutecznych kampanii reklamowych.