Podstawowy wpływ amylazy na trawienie polega na rozbiciu wiązań w skrobi na mniejszy dwucukier, maltozę, który w jelicie cienkim jest dalej rozkładany na glukozę, którą organizm może wchłonąć. Bez amylazy większość węglowodanów spożywanych przez ludzi nie byłaby przetwarzana, a ilość energii, jaką ludzie mogliby uzyskać, byłaby dramatycznie ograniczona. To sprawia, że amylaza jest jednym z najważniejszych enzymów trawiennych.
Aby zrozumieć rolę amylazy na trawienie, należy najpierw zrozumieć, że skrobie są polimerami glukozy, które są zbyt duże, aby mogły być łatwo przyswajalne przez organizm. Aby była użyteczna, skrobia, która jest węglowodanem, musi zostać rozłożona na mniejsze części — czyli prostszy cukier. Amylaza robi to w dwóch obszarach ciała.
Wpływ amylazy na trawienie zaczyna się od razu w ustach. Kiedy człowiek żuje jedzenie, jego gruczoły ślinowe uwalniają amylazę. Wymieszana wystarczająco w jedzeniu przez zęby i język, amylaza zaczyna rozkładać skrobię na dwucukier, maltozę, która jest dwiema połączonymi ze sobą cząsteczkami glukozy. Wszystko zawarte w przeżutym pożywieniu, w tym maltoza i amylaza, przemieszcza się przez przełyk do żołądka.
Potencjalny poziom wodoru (pH) w żołądku jest zbyt kwaśny, aby umożliwić amylazie dalsze rozbijanie wiązań w skrobi, które wciąż wymagają rozbicia. W tym momencie rola amylazy na straganach trawiennych. Kwas żołądkowy w żołądku działa w połączeniu z enzymami, takimi jak amylaza, kontynuując proces trawienia, zamieniając pokarm w płyn, który z łatwością może przedostać się do jelita cienkiego.
Większość spożywanej przez ludzi skrobi nie jest całkowicie rozkładana przez amylazę ślinową lub kwas żołądkowy — jedzenie nie pozostaje w jamie ustnej wystarczająco długo, aby wszystkie wiązania się zerwały, a kwas żołądkowy jest lepszy w ukierunkowaniu na białka niż na węglowodany. Następnie trzustka wydziela również amylazę, która wędruje do jelita cienkiego. Tam amylaza trzustkowa atakuje wszelkie pozostałe skrobie, tworząc więcej maltozy.
Gdy amylaza trzustkowa rozkłada jak najwięcej skrobi na maltozę, wpływ amylazy na trawienie jest kompletny. Maltoza nadal nie jest jednak łatwo przyswajalna, więc inny enzym wytwarzany w jelicie cienkim, maltaza, kończy rozpad wiązań w disacharydach. Rezultatem jest glukoza, którą kosmki w jelicie cienkim mogą wchłonąć. Organizm wykorzystuje glukozę jako główne źródło energii.