W każdym środowisku, które może być biomem, ekosystemem lub zbiorem ekosystemów, zwykle występuje wiele różnych gatunków, które tworzą żywe organizmy w tym środowisku. Istnieją również naturalne formacje siedliskowe i cechy charakterystyczne dla tej lokalizacji, z których wszystkie przyczyniają się do delikatnej równowagi, którą należy zachować dla dalszego harmonijnego istnienia tego siedliska. Związek między bioróżnorodnością a ochroną polega na tym, że ochrona jest celowym i skoordynowanym wysiłkiem mającym na celu utrzymanie, naprawę i promowanie pożądanej równowagi w siedlisku. Wysiłki na rzecz ochrony różnorodności biologicznej są zwykle ukierunkowane na określoną część równania, która składa się na siedlisko lub ekosystem, który jest postrzegany jako zagrożony z powodu różnych czynników naturalnych lub spowodowanych przez człowieka.
Jednym ze sposobów łączenia bioróżnorodności i ochrony jest obszar odwrócenia trendów prowadzących do wyginięcia gatunków. Gdy zostanie odkryte, że liczba członków danego gatunku spadła do bardzo niskiego poziomu, działania ochronne zostaną skierowane na zajęcie się stresorami, które są przyczyną takiego trendu. Przykładem gatunku, który jest obecnie objęty ochroną, jest panda wielka. Jedną z przyczyn małej liczby pand wielkich jest utrata ich naturalnego środowiska w wyniku uprzemysłowienia i innych form wdzierania się ludzi do ich historycznego siedliska przyrodniczego. Główną techniką ochrony stosowaną do odwrócenia tego gwałtownego spadku liczby pand wielkich jest tworzenie obszarów chronionych, które symulują ich naturalne siedliska, takich jak ogrody zoologiczne i naturalne rezerwaty zwierzyny łownej.
Związek między bioróżnorodnością a ochroną nie ogranicza się do ochrony zwierząt. Przykładem innego celu ochrony są naturalne formacje raf koralowych. Te rafy koralowe odgrywają ważną rolę w ekosystemie morskim, ale z powodu różnych czynników, zarówno naturalnych, jak i sztucznych, ogólny stan zdrowia niektórych głównych raf koralowych w różnych miejscach na całym świecie uległ pogorszeniu. Doprowadziło to do ukierunkowanych wysiłków ze strony biologów morskich i innych zainteresowanych działaczy ekologicznych, aby spróbować przywrócić rafy koralowe do ich normalnego stanu. W większości przypadków wysiłki na rzecz ochrony są finansowane przez różne rządy lub mogą być finansowane przez darowizny lub organizacje charytatywne utworzone w konkretnym celu ochrony tego konkretnego aspektu ekosystemu. Ta korporacja między różnymi zainteresowanymi stronami dodatkowo pokazuje związek między bioróżnorodnością a ochroną.